中国科学家发现胞嘧啶单碱基编辑工具存在基因组范围的脱靶-植物学报.PDF

植物学报 Chinese Bulletin of Botany 2019, 54 (3): 1–1, doi: 10.11983/CBB19033 ·热点评· 中国科学家发现胞嘧啶单碱基编辑工具存在 基因组范围的脱靶 谢卡斌* 华中农业大学, 作物遗传改良国家重点实验室, 武汉 430070 摘要 基于CRISPR-Cas的单碱基编辑工具是近2年基因组编辑技术的重大突破之一, 已经在人类(Homo sapiens)细胞和 动植物中得到了验证与应用。最近, 中国科学家分析了胞嘧啶编辑器(CBE) BE3和HF1-BE3, 以及腺嘌呤编辑器(ABE)等单 碱基编辑工具在水稻(Oryza sativa)中的脱靶现象, 发现BE3和HF1-BE3两个CBE在全基因组范围内存在脱靶编辑, 而ABE 则没有脱靶现象。这一发现对单碱基编辑工具的应用和进一步改进具有重要意义。 关键词 单碱基编辑, CRISPR, 脱靶 谢卡斌 (2019). 中国科学家发现胞嘧啶单碱基编辑工具存在基因组范围的脱靶. 植物学报 54, 1–1. 基于CRISPR系统的基因组编辑技术是近年来的 而实现生物体DNA序列的靶向碱基转换。因此, 单碱 革命性技术, 现已广泛应用于基础研究、疾病治疗和 基编辑技术依赖核苷酸特异的脱氨酶。根据靶向碱基 作物遗传改良等各个方面。与此同时, 对CRISPR的 的不同, 单碱基编辑技术可以分为胞嘧啶单碱基编辑 改进和探索也在不断进行。近几年, 多种CRISPR系 (cytosine base editor, CBE)和腺嘌呤单碱基编辑 统(如Cas12a和Cas13)被发掘并改造成基因编辑工 (adenine base editor, ABE)。2016年4月, 哈佛大学 具; 此外, 最常用的源自酿脓链球菌(Streptococus 的David R. Liu实验室首次成功开发了靶向编辑胞嘧 pyogenes)的Cas9 (Streptococcus pyogenes Cas9, 啶的工具BE3 (base editor 3) (图1B), 在生物体内实 简称Cas9)蛋白也被定向改造出多个变体, 包括识别 现了靶位点内C•G碱基对到T•A碱基对的转换。BE3 不同PAM (protospacer adjacent motif)的Cas9变体 编辑器是将具有切口酶活性的nCas9 (Cas9 nickase) 和高保真的Cas9 (High-fidelity Cas9, HF-Cas9)等。 蛋白融合1个来自大鼠(Rattus norvegicus)的胞嘧啶 随着CRISPR技术的日臻完善也出现了许多新型的应 脱氨酶(APOBEC1), 此外还包含1个尿嘧啶糖基化酶 用, 尤其是基于CRISPR-Cas 的单碱基编辑技术, 能 抑制子(Uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI), 用 够精确地将生物体内DNA靶位点上的单个碱基进行 来抑制细胞的DNA修复系统(将U•G复原为C•G 的修 转换, 为遗传信息的精准编辑提供了一种新的策略。 复)。在sgRNA (single guide RNA) 的引导下, 该BE3 单碱基编辑技术被Science杂志选为2017年度的十大 可在细胞内高效率地将靶DNA编辑窗口序列中的C 科学突破之一(/breakthrou- 转换为T (Komor et al., 2016) 。此外, 日本神户大学 gh2017/) 。该技术对生物学基础研究和实际应用都具 Akihiko Kondo和上海交通大学常兴实验室分别利用 有重大意义。 来源于七鳃鳗(Petromyzon marinus)和经修改的人 目前的