现代生物技术与新药研究 第十一讲 生物芯片与高通量筛选.ppt

第十一讲 生物芯片与高通量筛选 胡海峰 测试情况总结 本次平时测试结果作为平时成绩，检查同学听课质量，平均96分，总体效果良好。 存在问题：部分同学答题不够认真，掌握不够准确，特别第一和二部分必须准确，问答题必须内容充实。 大家建议：增加互动，放慢讲课速度，突出重点，内容丰富短时间难以消化吸收，参考文献和参考书推荐等。 应答：时间有限、教室条件差、人数太多（82人）、专业较多，考虑放慢速度、进行必要互动、加强交流。 主要内容 生物芯片 基因芯片（DNA芯片） 蛋白质芯片（Protein Chips） 细胞芯片 组织芯片 高通量筛选 生物芯片 生物芯片(biochip) 是指采用微量点样等方式,将核酸片段、多肽分子、组织切片和细胞等生物样品有序地固定于支持物(如玻片、硅片、尼龙膜等载体) 的表面,组成密集二维阵列,然后与已标记的待测生物样品中的靶分子进行杂交、或用免疫组织化学、原位杂交等技术使待检分子可视化,最后通过特定的仪器如激光共聚焦扫描仪或电荷偶联摄影像机(CCD) 对可视化信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析,从而判断样品中靶分子的相对数量。由于常用玻片/ 硅片作为固相支持物,且在制备过程模拟计算机芯片的制备技术,所以称之为生物芯片技术。 生物芯片 根据芯片上固定的生物物质的不同,生物芯片分为基因芯片( Genechip) 、蛋白质芯片(proteinchip) 、细胞芯片(cellchip) 、组织芯片(tissuechip) ;如芯片上固定的是寡核苷酸或DNA ,就称为基因芯片或DNA 微阵列(DMA Microarray) ;又如芯片上固定的是组织,就称为组织芯片。 基因芯片（Gene Chips） 定义：就是按特定的排列方式固定有大量基因探针/基因片段的硅片、玻片、塑料。 基因芯片技术是高效地大规划获取相关生物信息的重要手段。 应用领域: 主要有基因表达谱分析、新基因发现、基因突变及多态性分析、基因组文库作图、疾病诊断和预测、药物筛选、基因测序。 基因芯片作用原理 采用高速打印或光刻合成技术可在硅片、玻璃或尼龙膜上制造DNA 微阵列即基因芯片； 样品DNA/RNA 通过PCR 扩增、体外转录等技术掺入荧光标记分子, 与微阵列杂交后通过荧光扫描仪器扫描及计算机分析即可获得样品中大量基因序列及表达的信息。 基因制备方法 分为两大类: 一类是原位合成; 一类是直接点样； 原位合成适用于寡核苷酸; 直接点样多用于大片段DNA , 有时也用于寡核苷酸, 甚至mRNA。 原位合成有两种途径。一是光刻法; 一是压电打印法。光刻法可以合成30n t 左右, 打印法可以合成40250n t, 光刻法每步缩合率较低, 一般说喷印法特异性应比光刻法高。此外, 喷印法不需特殊的合成试剂。 与原位合成法比较点样法较简单, 只需将预先制备好的寡核苷酸或cDNA 等样品通过自动点样装置点于经特殊处理的玻离片或其它材料上即可。 芯片的种类 电子芯片：带有阳电荷的硅芯片、芯片经热氧化, 制成1mm ×1mm 的阵列、每个阵列含多个微电极, 在每个电极上通过氧化硅沉积和蚀刻制备出样品池。将连接链亲和素的琼脂糖覆盖在电极上, 在电场作用下生物素标记的探针即可结合在特定电极上。 三维芯片： 三维生物芯片实质上是一块显微镜载玻片, 其上有10, 000 个聚乙烯酰胺凝胶条, 每个凝胶条可用于靶DNA , RNA 和蛋白质的分析。先把已知化合物加在凝胶条上, 再用3cm 长的微型玻璃毛细管将待测样品加到凝胶条上。每个毛细管能把小到012n l 的体积打到凝胶上。 基因芯片应用 基因表达谱分析 新基因发现 基因突变及多态性分析 基因组文库作图 疾病诊断和预测 药物筛选 基因测序 基因表达谱分析 基因芯片技术可清楚地直接快速地检测出以1: 300, 000 水平出现的mRNA , 且易于同时检测成千上万的基因。 Lockhart 等人对芯片技术定量检测基因表达及其敏感性、特异性进行了研究。在阵列的杂交实验中, 从克隆cDNA文库或直接从细胞mRNA 制备标记RNA 靶, 用于杂交的RNA 靶通过体外转录反应掺入荧光素标记的核糖核苷酸制备, 然后随机地将该RNA 靶裂解为平均50—100 个碱基大小的片段, 样品与阵列杂交30 分钟到22 小时, 阵列的荧光影像用特制的扫描共聚焦显微镜检测。 新基因发现 定量检测大量基因表达水平在阐述基因功能、探索疾病原因及机理、发现可能的诊断及治疗靶等方面是很有价值的。 如该技术在炎症性疾病类风湿性关节炎(RA ) 和炎症性肠病( IBD) 的基因表达研究中,由RAIBD 组织制备探针, 用Cy3 和Cy5 荧光素标记, 然后与靶cDNA 微阵列杂交, 可检测出炎症疾病诱导的基因如TNF－? 或粒细胞