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物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao)
August Acta Phys. -Chim. Sin. 2014, 30 (8), 1587-1596 1587
[Article] doi: 10.3866/PKU.WHXB201405291
富勒烯与β淀粉样肽低聚体结合的分子动力学模拟
周晓颖# 郗文辉# 韦广红*
(应用表面物理国家重点实验室, 计算物质科学教育部重点实验室, 复旦大学物理系, 上海200433)
摘要: 本文通过分子动力学模拟研究富勒烯在Aβ42 低聚体表面的结合过程. 在结合过程中, C 在Aβ表面经
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历一系列尝试过程, 最终找到某个稳定的结合位点. 根据结合的残基不同, 这些结合位点可以分为六类, 其中核
心疏水区域(CHC)位点(17LVFFA21 )及Turn 27-31 位点(27 NKGAI31)具有最强的结合稳定性. 二者的结合主要通
过范德华作用稳定, 而溶剂化效应则起相反作用. 在这六类位点中的两个位点, 观察到C60 会对Aβ二级结构起
破坏作用. 其一位于核心疏水区域, C 有挤入多肽β片层中间的趋势; 另外一位点位于N 端, C 能够破坏外侧
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Aβ的3-5 号残基的主链氢键, 瓦解其末端的β片结构. 这两个过程对理解富勒烯抑制Aβ聚集的微观机制提供
了帮助. 此外, 在Turn 27-31 位点以及Y10-H14 位点, 发现了富勒烯与Aβ纤维样聚集体结合的沟槽滚动机
制, 即富勒烯能够在淀粉样低聚体表面形成的特定沟槽内滚动. 这一特征有助于预测富勒烯在其它淀粉样多肽
表面的结合位点及结合行为.
关键词: 多位点结合; 结合能; 二级结构破坏; 疏水口袋; 沟槽滚动机制
中图分类号: O641
Molecular Dynamics Simulations on the Binding of Fullerene to
Amyloid-βOligomers
ZHOU Xiao-Ying# XI Wen-Hui# WEI Guang-Hong*
(Department of Physics, Fudan University, Key Laboratory for Computational Physical Sciences (Ministry of Education),
State Key Laboratory of Surface Physics, Shanghai 200433, P. R. China)
Abstract: We investigated the binding process of fullerene to fibril-like Aβ42 oligom
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