分子模拟方法的应用.pdf

中科院研究生物理有机化学课程,2016年12月 第七讲 分子模拟方法的应用 授课教师：王任小 研究员 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry 引言：分子模拟的基本概念 分子模拟：将分子体系描述为可操作的数学模型 ，借 助计算机技术来研究分子体系的结构、能量和其他性质。 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 2 Molecular Modeling As a Central Technique Computational Chemistry Computational Computational Biology Material Science 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 3 Molecular Modeling As a Central Technique 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 4 授课提纲 一．计算化学方法用于研究有机反应机理 二．分子动力学模拟用于研究生物大分子体系 三．基于靶标结构的药物分子设计 补充参考教材： Andrew R. Leach, Molecular Modeling: Principles and Applications , 2nd Ed., Prentice Hall, 2001. 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 5 I. Computational Organic Chemistry 理论计算以及分子模拟在有机化学研究中可以用于解决以下问题： 对有机分子进行构象分析，确定其低能构 象以及构象变化的规律。 研究有机分子的各种物理性质：标准生成 焓、偶极矩、简正振动模式等。 研究有机反应机理，确定反应的过渡态， 表征有机反应的热力学以及动力学性质。 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 6 An Example: Claisen Rearrangement J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 5062–5075. 中国科学院上海有机化学研究所 Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences 7 Guanidinium as Catalyst Simple guanidinium ion derivatives were identified as effective catalysts for O-a