面向分子生物系统的计算技术应用研究-计算机应用技术专业毕业论文.docxVIP

摘要摘 摘要 摘 要 随着高通量蛋白质组学、微阵列技术和生物信息学技术的发展，一个新的学 科“系统生物学应运而生，它的目标是从系统的层次上理解生物系统。生物实 验数据分析和生化网络的建模与仿真是系统生物学方法论中的两个重要组成部 分，本文中主要关注多源数据和时序组学数据的数据分析以及基于Agent技术的 生化网络建模与仿真，完成的特色工作有： 1．蛋白质蛋白质相互作用的发现和预测对于理解众多生物现象具有重要的意 义，本文给出了一种基于多源数据使用通信模型进行PPI预测的方法。理论 分析和实验结果表明该方法具有很好的效果。 2．生物体的组成在众多的层次上表现出了高度的有序结构。本文针对血浆蛋白 组时序数据，利用香农熵研究由于2型糖尿病引起的血浆蛋白质组有序度变 化，并在实验中发现了随着时间的变化糖尿病老鼠一直比正常老鼠有较高的 熵值。 3．生物标记物可以进行相关疾病(比如癌症)的发病过程跟踪，以及疾病预诊 和药靶发现。在本文中，我们给出一种基于局部统计的组学数据的生物标记 物验证方法，该方法可以有效的提高生物标记物的挑选效率。 4．针对生命系统中的自组织现象研究，本文给出一种基于Agent技术的生化网 络建模仿真方法，该方法体系能与当前主流建模工具很好的结合，可广泛应 用于生物分子系统的研究。 关键词： 系统生物学，时间序列数据，组学数据，多数据源，蛋白质蛋白质相 互作用，生物系统有序度，生物标记物挑选，生化网络建模与仿真， ABSTRACTABSTRACT ABSTRACT ABSTRACT During the past decades，、)~ritll the advent of high—throughput proteomics， microarray and bioinformatics technologies，the biological community has been exposed to a new discipline：Systems Biology．The aim of systems biology is to understand the biological system atsystem level．Experiment data analysis and biochemical network modeling and simulation are two key parts of the methodology of System Biology．The dissertation major focus the analysis of multi-source and time series data and modeling and simulation of biochemical network basen on the agent technology,and the most important features include： 1．Protein—protein interactions(PPI)play a key role in many fundamental biological processes，and comprehensively identifying them represents a crucial step towards systematically defining their cellular roles．A method of Predicting CO—complexed protein pairs based on communication model using diverse biological data is given here．Theory analysis and experiment results showed that the given method is very useful． 2．Living things are characterized by a very high degree of structure at every level． We study the order change of rat．plasma proteomic data casused by Type 2 Diabetes using the Shannon Entropy．Our experiment results showed that GK rats (type 2 diabetes)preserved a larger entropic values than Wistar rats(normal) th