拟南芥GA2ox基因家族启动子分析.pdfVIP

第 １１卷 第４期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１１Ｎｏ．４ ２０１３年１２月　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｄｅｃ．，２０１３ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１３．０４．０６ 拟南芥 ＧＡ２ｏｘ 基因家族启动子分析 段秋红，赵小英，贺热情，郭　 明，刘德荣，唐冬英，刘选明∗ （湖南大学生物学院，湖南 长沙４１００８２） 摘　 要：赤霉素是一类重要的植物激素，它参与调节植物生长发育的各个阶段。 真核基因的表达受多种因素的调控，其中启 动子在转录水平上的调节作用至关重要，但是目前对拟南芥ＧＡ２ｏｘ 基因家族上游顺式元件的详细分析较少。 本研究分析了 ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因家族染色体定位、进化关系、蛋白模体以及顺式元件。 分析结果表明：ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因家族分为２个亚类；具有相对 集中的染色体分布；具有相似的内含子和外显子结构；ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因家族成员进化关系越相近，模体和顺式元件则越保守且分 布位置更接近。 ＰＬＡＣＥ和Ｐｌａｎｔ ＣＡＲＥ 以及ＤＭＢ分析显示，ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因家族存在许多保守元件，受多因素的调控，在此家族 的上游调控区域普遍存在组织和器官特异性表达元件、光响应元件、激素响应元件以及其他环境响应元件。 基因表达谱分析 结果表明，在激素诱导下，ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因家族均有响应。 这些元件不仅作为正调控元件，诱导部分ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因的表达，而且还 能作为负调控元件，抑制其他ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因的表达。 关键词：ＡｔＧＡ２ｏｘ 基因家族；启动子；顺式元件；进化；基因表达调控 ＋ － － － － 中图分类号：Ｑ３４４． ．１３　 　 文献标识码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１３） ０４ ２７５ ０７ Ｐｒｏｍｏｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＧＡ２ｏｘ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ ｉｎＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ ＤＵＡＮ Ｑｉｕ⁃ｈｏｎｇ，ＺＨＡＯ Ｘｉａｏ⁃ｙｉｎｇ，ＨＥ Ｒｅ⁃ｑｉｎｇ，ＧＵＯ Ｍｉｎｇ，ＬＩＵ Ｄｅ⁃ｒｏｎｇ，Ｔａｎｇ Ｄｏｎｇ⁃ｙｉｎｇ，ＬＩＵ Ｘｕａｎ⁃ｍｉｎｇ∗ （Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ４１００８２，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌｉｎ ｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｈｏｒｍｏｎｅｓ ｉｎ ｐｌａｎｔ，ａｎｄ ｉｎｖｏｌｖｅｓ ｉｎ ｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ ｐｌａｎｔ ｇｒｏｗｔｈ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ． Ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎｅｕｋａｒｙｏｔｅｉｓｒｅｇｕｌａｔｅｄａｔｍｕｌｔｉｐｌｅｌｅｖｅｌｓ，ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙ ａｔｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｌｅｖｅｌ．Ａｔ ｐｒｅｓｅｎｔ，ｆｅｗ ｓｔｕｄｉｅｓ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｄｏｎｅ ａｂｏｕｔ ｔｈｅ ｕｐｓｔｒｅａｍ ｃｉｓ⁃ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｏｆ ＡｔＧＡ２ｏｘ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ． Ｉｎ ｔｈｉｓ ｐａｐｅｒ， ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ，ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｏｔｉｆｓ ａｎｄ ｃｉｓ⁃ｅｌｍｅｎｔｓ ｏｆ ＡｔＧＡ２ｏｘ ｗｅｒｅ ａｎａｌｙｚｅｄ ｂｙ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄｓ． Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ＡｔＧＡ２ｏｘ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｓｕｂｃｌａｓｓｅｓ，ａｎｄ ｈａｄ ｒｅｌａｔｉｖｅｌｙ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｅｄ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ，ａｎａｌｏｇｏｕｓ ｉｎｔｒｏｎｓ ａｎｄ ｅｘｏｎｓ． Ｉｔ ａｌｓｏ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈａｔ ｍｅｍｂｅｒｓ ｏｆ ｔｈｅＡｔＧＡ２ｏｘ ｇｅｎｅｆａｍｉｌ