养殖贝类重要经济性状的分子解析与设计育种基础研究.docVIP

项目名称： 养殖贝类重要经济性状的分子解析与设计育种基础研究 首席科学家： 张国范 中国科学院海洋研究所 起止年限： 2010年1月-2014年8月 依托部门： 中国科学院 山东省科技厅 一、研究内容 （一）拟解决的关键科学问题 从基因组学出发，明确贝类基因组结构与特征，阐明重要经济性状的关键基因及其网络调控机制，建立贝类分子设计育种的理论和技术基础，是贝类分子育种领域的关键科学问题，也是实现贝类高效“精确育种”的必要前提。 1、贝类基因组结构与特征 基因组信息是解析经济性状和实现分子设计育种的基础。通过对牡蛎基因组结构与特征的全面解析，结合其与扇贝、珍珠贝基因组的比较研究，进行贝类全基因组基因功能研究；批量开发基于基因组信息的功能基因和SNP等标记；构建高密度遗传图谱，为贝类生长、发育、抗性、珍珠形成等性状的基因调控网络解析和分子设计育种奠定理论基础。本关键科学问题包含3个重要内涵：①基因组结构与功能基因；②全基因组SNP和功能基因多态性；③基因组序列图谱和高密度遗传图谱。 2、重要经济性状的分子解析 贝类生长、发育、抗性和珍珠质形成等是贝类重要或特有的经济性状，以功能基因组学为基础，筛选上述性状的关键基因，研究和验证基因的功能和调控机制，阐明基因对性状的决定机制，解析主要性状基因的调控网络，为分子设计育种奠定理论基础。本关键科学问题包含4个重要内涵：①目标性状基因/QTL的精细定位；②重要经济性状的关键基因及其作用机理；③基因表达调控网络；④基因型与表型的关联性。 3、分子设计育种的技术途径 贝类育种的分子设计尚处于起步阶段，亟待开展良种分子设计和预测模型的理论和技术研究，构建模拟育种平台，为分子设计育种提供技术支撑。本关键科学问题包含4个重要内涵：①基因、调控网络对环境的反应；②育种性状的G-P链接模型和数据库；③生长和抗性性状的复合/聚合；④模拟育种平台与育种验证。 （二）主要研究内容 基于牡蛎全基因组框架图，比较贝类基因组结构，规模开发贝类功能基因和SNP标记；构建全基因组序列精细图谱和高密度遗传图谱。 1、贝类比较基因组研究和SNP规模开发 在已有的牡蛎框架图基础上，利用物理图谱和BAC文库，构建基因组精细图；完善基因组注释、对基因进行预测和分类，批量开发功能基因；开展牡蛎、扇贝和珍珠贝基因组的比较研究；规模开发贝类SNP标记，建立牡蛎等贝类高密度遗传图谱。 2、重要经济性状的分子解析 以贝类基因组学研究为基础，发掘贝类生长、发育过程的关键基因，进行功能鉴定并确定其调控途径；开展贝类逆境（温、盐）适应和免疫防御（病毒和弧菌）关键功能基因研究，阐明其作用机制，解析抗性相关过程的调控网络；研究参与珍珠质形成的重要功能基因及其表达调控规律，阐明基质蛋白等在优质珍珠形成中的作用机制；建立基因与性状的关联性。定位目标性状基因/QTL，明确基因型与表型关系。 3、分子设计育种的理论和技术基础研究 研究变温动物贝类的基因-表型关联体系对环境变动的反应效应，建立基因型和表型性状的G-P模型和相应数据库，开发分子育种计算机模拟技术，开展生长和抗逆性状的复合/聚合育种，建立贝类分子设计育种技术平台，进行模拟育种与实际育种的验证和相互促进。 二、预期目标 （一）总体目标 完成牡蛎基因组的全面解析及其与扇贝和珍珠贝基因组比较研究，明确贝类基因组的结构和特征；批量筛选功能基因和SNP标记，构建高密度遗传图谱；发掘生长、发育、抗性和珍珠质形成等性状相关的关键基因，研究和验证基因的功能和调控机制，揭示性状的基因调控网络；开展分子设计育种技术途径研究，为分子设计育种提供理论基础和技术支持。 1、构建牡蛎的基因组精细图谱，比较扇贝、珍珠贝和牡蛎的基因组差异；获得批量牡蛎、扇贝和珍珠贝功能基因和SNP标记；构建高密度遗传图谱。 2、筛选贝类生长、发育、抗性和珍珠质形成等相关的关键基因，阐明其功能和调控机制，解析性状的基因调控网络；阐明基因与性状的关联性。 3、构建贝类设计育种技术平台，突破一些设计育种关键技术，为实现设计育种提供可能。 4、取得一批国际一流成果，造就一批学科领军人才，凝炼一支具高度创新能力的研究团队。 （二）五年预期目标 1、基因组的结构特征与SNP规模开发 完成牡蛎全基因组序列图谱构建，全基因组覆盖度、基因区覆盖度分别达到95%、98%以上；实现全基因组的基因功能分类；对牡蛎、扇贝和珍珠贝进行全基因组比较，获取三种贝类的典型性状相关功能基因的差异；开发6000个以上贝类SNP等标记，建立贝类高密度遗传图谱，标记间距小于1cM。 2、重要经济性状的分子解析及网络调控机理研究 定位重要经济性状相关的功能基因/QTL 200-300个，分析QTL的效应；筛选150-200个与重要经济性状紧密相关的功能基因，阐明60-100个