面向网格的算法并行化及应用研究-计算机应用专业毕业论文.docxVIP

上海大学硕士学位论文摘要 上海大学硕士学位论文 摘要 本文研究了面向网格的算法并行化技术及其在复杂材料分子模拟中的应用。本文 的工作是在网格环境下实现了对三缨格点Monte Carlo(以下筒稳3D MC)舞法在意分 子链领域中的一个应用实例实现并行，并且实现了对演化算法(EvolutionaryAlgorithm， 以下简称EA)的并行及改进。 本文的爨点是对算法豹并行实现。其中，对于MC算法，分步骤逐步实现了数据 空间上的分块并行、针对边界问题进行的OVERLAP并行实现以及对于边界问题的单 点发送帮接浚实现。对于EA，本文分翻馒羽主筑模式和对等模式这两种基本的并行模 式对其实现了并行。在主从模式中，我们利用主进程上的数据交换操作实现了演化算 法申复杂静篓子透移。在j篼罄疆上，羲稻瑟算法实至觅进一疹鹃改邀，并采搦对等模式 实现并行，从而增强了算法的可扩展性，使得该算法非常适合在网格平台上运行。 蔷先，零文在集群环壤下镁了秘关工传豹疆究，实现了对3D MC算法粒演纯算法 的并行，并在实际实验中分析了演化算法的加速比，给出了MC算法在复杂材料分子 模拟应用中豹可褪识结果。然磊，在霹格邵壤下实现了算法熬著学，著量对算法农鄹 格环境下的实现可能出现的问题给姓5了解决方法，对MC算法在复杂材料分子模拟应 用中，以不闻参数逛行的计舞结暴遴行了可视化辕感。 为了验证结果的诉确饿，文中借助了～个可视化程序Mosiz对MC并行程序的计 算结果进行丁可视化输出，弗从理论上对该结果进行了分辨。对于演化算法，本文透 过实际的实验数据扶加速眈角度分跏分析了数据斌模与加速比的关系、并行运算时所 采嗣的节点数与加逡比的关系，并比较了算法改进前后的计算精度，从而证明了改进 算法在诗算精度及可扩展毪方面饶予原始算法。 在此基础上，本文给出了进一步的工作方向。未来可以考虑以网格服务的形式提 供诗算骚务，然磊翁台网稽平台上的数据管理功麓，将运行参数籁暑{‘算结聚保存在两 格的数据库中，有利于对算法的分析。 本文靛龋有王俸舔已农上海意棱窝疆平台_上实现。“上海高校弼捂平台”于2004 年11月参加篇六届上海国际工业博照会展出，在展会上演示了本文中三维格点Monte Carlo著：行冀法在鄹掺环麓下款运行过程及霹援伲斡诗算缝菜。 关键试：网揍，劳行计冀，三缑接点Monte Carlo算法，演纯算法 上海大学硕士学位论文Abstract 上海大学硕士学位论文 Abstract Algorithm pamlMization on grid environment，and its application in complex material’S molecule simuIation has been researched。The work in this thesis is about the parallelization of 3D grid Monte Carlo(abbreviated to 3D MC below)algorithm on grid，the parallelization ofEvolutionaryAlgorithm(abbreviatedtoEAbelow)，andtheimprovementofEA． The most important WOrk of this thesis iS the paralletization of algorithms．We implemented the parallelization of3D MC algorithm step by step：(1)divided the whole data space into N blocks according to the number of processes，(2)overlap area for every connecting processes，(3)single point send and receive for special points、As to EA，we used tWO program modes of MPI，master-slave mode and peer-to—peer mode，to parallelize it．We used master-slave mode to realize the migration of operator．On the basic of this，we improved the original EA and paralMized it by peer-to—peer mode，the improved algorithm provides better scalabil