分子生物信息相关软件讲座.DOC

分子生物信息相关软件讲座 讲座内容：Schrodinger(药物相关的软件) 主办：院校科研处、院校教育技术中心 MacroModel (高效的分子建模软件) Jaguar（多功能量化并行计算软件） Glide (分子对接程序) MacroModel (高效的分子建模软件) MacroModel在过去的16年里被学术界、政府机构和工业领域广泛而频繁的使用。它是唯一能够提供一级技术的程序，可以预测能量、构象采样、溶解计算，这使它通常被认为是小型有机分子通用的分子建模的“黄金标准”。MacroModel还带有一个强大的检查蛋白质和蛋白质配位体络合物的工具。 功能:高效而精确的溶剂计算；为构象分析提供大量有效的方法；通过Mastro的接口界面操作，使用简单；大量合适的力场供选择；积极并持续的升级，紧跟计算学科的最新发展。 Jaguar（多功能量化并行计算软件） 1.并行计算：能运行在大多数共享内存的平台上，还可用在IBM?SP2上。 2.?波函和能量?：限制和非限制的Hartree-Fock(RHF，UHF，ROHF）； Moller-Plesset二级微扰理论(MP2)，包含冻结核选项；局域Moller-Plesset二级微扰理论(LMP2)，包含冻结核选项，和对闭壳层和开壳层的“局域局域”MP2；对过渡态和芳香环系统的LMP2计算，自动去局域化；波函的Pipek-Mezey或Boys局域化；密度泛函理论(DFT)，包括限制和非限制DFT；用于大规模DFT计算的快速多极方法；用于开壳层和闭壳层的广义价键(GVB)，最多50个GVB对；用于开壳层和闭壳层的GVB-RCI(限制组态相互作用）； GVB-LMP2多参考微扰理论；局域-局域GVB-LMP2； GVB-DFT?(GVB波函的post-SCF?DFT能量求值)；?CIS用于计算激发态；?分子波函和能量，最多5000个基函数；用快速赝势积分技术，研究包含镧系元素的体系。 3.?平衡计算：对有机金属体系，自动进行高质量的波函初始猜测。? 4.?溶剂物的计算：对电介质界面使用分子表面，进行自恰量子化学反应场计算；溶质的HF，DFT，LMP2或GVB波函；溶液系统的电荷拟合，多极矩，频率，极化率，超极化率，以及其它特性；多个片断的溶液模拟；几何优化，导数，频率，和过渡态。 5.?内反应坐标：使用HF，DFT，LMP2或GVB的分析梯度，优化分子结构。 6.?过渡态优化：HF，DFT，LMP2或GVB波函的溶液相位结构或过渡态优化；笛卡尔坐标或内坐标的优化；自动产生内坐标（Z-matrix）；限制几何优化；动态几何结构限制；对所有的优化计算默认使用冗余内坐标； HF，DFT，LMP2或GVB的频率计算（使用二阶导数），用于气相或溶液； SQM方法用于振动频率的经验定标；寻找全部过渡态的功能；势能曲面扫描。 7.?基组：STO-3G，3-21G，4-21G，6-21G，4-31G，6-31G，6-311G，D95V，D95，MSV，cc-pVDZ，以及cc-pVTZ基组，包含f函数，以及极化和弥散函数选项；有效核势(ECP)基组，对过渡金属使用Hay-Wadt?ECP，镧系金属使用Cundari-Stephens?ECP。 8.?其它分子特性：拟合ESP电荷的高级方案；多极矩（一直到十六极）；耦合微扰Hartree-Fock?(CPHF)极化率和超极化率张量；红外（IR）强度；整个体系或部分结构的振动光谱；热化学特性；同位素影响； Mulliken布居数和Mulliken自旋布居数分析；对一个网格输出轨道、电子密度和势； Frank?Weinhold最后版本的NBO分析；分子重量和化学计量；算法和收敛方法；赝光谱和所有的分析方法； DIIS方法，GVB-DIIS?(对GVB和其它计算)；对过渡金属和GVB计算，自动进行高质量的波函初始猜测和快速收敛算法；自动识别和使用分子点群对称性，包括非阿贝尔点群输入和输出文件格式； MacroModel，BIOGRAF，和GAUSSIAN文件输入选项；输出选项，产生MOLDEN，gOpenMol，GAMESS，SPARTAN，自动生成Jaguar?restart文件，可以很容易地重新提交任务； MacroModel，GAUSSIAN，DelPhi，Grasp和Xmol输入文件内含的Babel程序的其它输入输出选项；友好的任务提交和管理程序；易用的脚本语言，用于设置复杂的计算实验；直接到MOPAC的界面。图形用户界面（GUI）和用户指南:。GUI显示反应物，产物和过渡态结构； GUI操纵单个任务或复合任务；报告生成工具，用于从输出文件中提取数据；用户指定溶剂，电介质边界，定义DFT混合，输出选项，远程任务提交，以及其它特性。 Gli