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基于新一代测序的表观遗传学研究 No.G012-1308 表 观 遗 基于新一代测序的表观遗传学研究 传 学 研究目的 DNA 甲基化是表观遗传学研究的重点，是基因调控的 通过酶切富集启动子及 CpG 岛区域，并进行 Bisulfite 测序， 手段之一，在维持细胞正常功能、传递基因组印记、胚胎发育 同时实现 DNA 甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高 和肿瘤发生等方面起着至关重要的作用。基于不同的新一代 利用率。研究者进行了全基因组甲基化测序（BS）和 RRBS 测序研究方案，检测表观遗传学变异尤其是基因组的甲基 的比较，发现 RRBS 在启动子，CpG 岛区域具有更高的覆盖 化，探讨甲基化对于生物学功能的影响，并筛选可应用作为 倍数 如图 1 所示），并且 RRBS 和 BS 具有很好的相关性（如 疾病早期诊断、分级和分型的分子标记。 图 2 所示）。RRBS 可作为一种更高效经济的研究方法，在大 规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。 研究对象和取材 研究对象：各类肿瘤、发育、干细胞分化的不同阶段。 取样标准：肿瘤组织与正常组织有明显区别，组织病理 切片分析肿瘤样品中肿瘤细胞的比例在 80% 以上；正常样 品中几乎不含有肿瘤细胞，或以血液作为正常对照。 新一代测序方案 RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）基于 Msp| 酶切消化和 bisulfite 处理的高性 价比方法，可对基因组 promoter 区及 CpG 岛区域的 DNA 甲基化状态进行样品之间的比较分析。 图 1. RRBS 和 BS 在 CpG 岛平均覆盖深度的比较，其中 RRBS 的测 MBD-Seq（Methylated DNA Binding Domain 序 数 据 为 6G，BS 的 测 序 数 据 是 103.5G。（Wang L, et al . J Sequencing）由于在哺乳动物中甲基化一般发生在 CpG Biotechnol. 2012） 的胞嘧啶 5 位碳原子上，所以可通过特异性结合甲基化 DNA 的蛋白 MBD2b 富集高甲基化的 DNA 片段，并结合 第二代高通量测序，对富集到的 DNA 片段进行测序，从而 检测全基因组范围内的甲基化位点。 M e D I P - S e q （ M e t h y l a t e d D N A Immunoprecipitation Sequencing ）通过使用 5 - 甲 基胞嘧啶抗体富集高甲基化的 DNA 片段，然后将富集后的 DNA 进行高通量测序。 BS（Bisulfite Sequsencing）Bisulfite 处理能够将 基因组中未甲基化的 C 碱基与甲基化的 C 碱基区分开来， 因此成为表观遗传学研究的经典实验方法。将 Bisulfite 处理 与高通量测序技术的结合的 Bisulfite Sequencing 能够绘 制单碱基