HITS-CLIP数据分析流程_上海丰核信息科技有限公司.docxVIP

________________________________________________________________________ 上海丰核 SCI论文发表，基金申请，实验外包 4000-331-887 HITS-CLIP技术及数据分析宣传画册 一、HITS-CLIP技术概览 HITS-CLIP（HIgh-Throughput Sequencing with CrossLinking-ImmunPrecipitation）又称为CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序, 是一项蛋白与RNA相互作用的实验技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生交联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，利用生物信息学的数据处理和分析方法研究RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用。其实验部分主要包含蛋白-RNA交联共沉淀样品制备和深度测序两个部分。 1、蛋白-RNA交联共沉淀样品制备 2、深度测序 当我们准备好片段化的DNA样本后，需要通过专业的高通量reads测序仪进行碱基读取的步骤。之后把这些reads回贴到参考染色体序列上从而间接确定蛋白因子在RNA上的位置分布以及每个结合位点上蛋白因子的结合强度。 二、HITS-CLIP数据的生物信息学分析流程展示 HITS-CLIP数据的生物信息学分析步骤包括：测序Reads的基本信息统计、Clean Reads比对、Reads比对结果的基本信息统计和数据细化加工、RBP结合位点确定、RBP结合位点信息注释、标准分析和个性化下游分析。 三、应用领域 四、HITS-CLIP在医学研究中的应用 通过对HITS-CLIP数据进行系统化的生物信息学分析，我们能够获得如下结果： 1、确定疾病相关RNA结合蛋白的作用靶基因对象，并结合基因功能分类知识库，帮助我们了解候选RNA结合蛋白的具体功能。 2、通过Ago HITS-CLIP数据，直接研究病毒在侵染正常细胞的过程中病毒特异性表达miRNA在细胞内的调控目标，并精确确定miRNA-mRNA相互作用对。 3、结合基序分析，预测与已知疾病相关RNA结合蛋白是否存在共同调控的其他蛋白，通过数据挖掘找出与疾病发生相关的其他转录后调控元件。 4、通过Nova HITS-CLIP数据分析，直接研究病灶部位与正常组织之间的可变剪接差异，确定疾病特异性的可变剪接体。 五、参考文献 [1]. Zhang, C. and R.B. Darnell, Mapping in vivo protein-RNA interactions at single-nucleotide resolution from HITS-CLIP data. Nat Biotechnol, 2011. 29(7): p. 607-14. [2]. Macias, S., et al., DGCR8 HITS-CLIP reveals novel functions for the Microprocessor. Nat Struct Mol Biol, 2012. 19(8): p. 760-6. [3]. Zisoulis, D.G., et al., Comprehensive discovery of endogenous Argonaute binding sites in Caenorhabditis elegans. Nat Struct Mol Biol, 2010. 17(2): p. 173-9. [4]. Darnell, R.B., HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. Wiley Interdiscip Rev RNA, 2010. 1(2): p. 266-86.