蛋白质结构简介-东海大学.ppt

二級結構：b-sheet b-sheet的b表示這是第二種規則的二級結構，呈現摺板狀，如同a螺旋，亦靠重複的q與y角形成大量的氫鍵以使結構穩定。 二級結構：b-sheet（續） 和a-螺旋不同的是，b-摺板並不一定要在一級結構（序列）上連續，而是各片段可以來自不同的一級結構區，而且相較於a-螺旋的緊密結構，b-摺板是完全伸展的。 超二級結構（Supersecondary Motifs） 許多球蛋白中，a-helix或b-sheet二級結構可以形成所謂的「超二級結構」，在不同的蛋白質中重複出現。 三級結構（Tertiary Structure） 三級結構描述各二級結構單元之空間關係。大蛋白質的二級與超二級結構常組成「domain」，此為由polypeptide骨架連結之緊密單元，其功能與折疊常獨立於其他domain。三級結構描述這些domain的關係以及蛋白質折疊讓序列中距離遙遠的氨基酸互相靠近的途徑，以及使其構形穩定的鍵結。 四級結構（Quaternary Structure） 當蛋白質的polypeptide chain不只一條，各鏈之間藉由非共價鍵連結時，會有四級結構，也就是鏈與鏈之間的相關位置。 蛋白質分子結構與自由度 自由度：每個原子在空間中有三個自由度（degrees of freedom），即 XYZ 三個方向，若分子由 N 個原子組成，則有 3N 個自由度，整個分子扣除質量中心位置與轉動方向，共有 3N-6 個自由度。要決定分子的形狀，即是找出一組對應於這 3N-6 個自由度之解，使其自由能（free energy）為最小值，故為一「最佳化」（optimization）之問題 → 難！ 有時候一些額外的條件或限制（constraint）可以減少這個問題的自由度，讓它變得簡單一些。原則上，解決這類問題所需之時間與自由度之指數函數成正比。 蛋白質分子結構與作用力 分子內的原子之間，以及分子內、外原子之間的作用力，會決定分子的形狀——因為自由能的形式是由原子間的作用力所決定的。生物化學中常用的能量單位為千卡每莫耳（kcal/mole），相當於每分子 0.026 eV。作用力之能量函數可寫為：V(R)=Ebonded + Enon-bonded，前者為與化學鍵有關之能量，包括化學鍵形成之能量、化學鍵轉動、振動、彎曲之能量，後者則為與化學鍵無關之部分，包括凡得瓦力、氫鍵、庫倫靜電力等。 共價鍵或離子鍵：原子與原子交換、共用外層價電子的作用力，大小約為 50~200 kcal/mole。 蛋白質分子結構與作用力（續） 鍵長、鍵角的變化：化學鍵之伸縮、彎曲、振動，能量約為 1~7 kcal/mole。 扭角的變化：化學鍵之旋轉運動，能量約為 0.1~1 kcal/mole。 蛋白質分子結構與作用力（續） 凡得瓦力：原子與原子之間的瞬間電偶極之間的交互作用，強度約為 1 kcal/mole。 凡得瓦力的函數形式為 V = A/r12 – B/r6，稱為 Lenard-Jones potential。 氫鍵：N—H…O 或是 O—H…O，虛線代表氫鍵，氫與N、O、Cl、F 之類體積小、電子親和力大的原子形成共價鍵，氫附近電子雲密度小而略成正電性，鄰近這類原子時會有吸引力，此即為氫鍵，強度為 3~7 kcal/mole。 庫倫靜電力：帶電荷氨基酸之間的交互作用。 疏水鍵 疏水鍵並不是一種真正的交互作用力，而是一種等效意義上的力。由於生物體中的分子都處於水的環境中，所以分子與水之間的交互作用特別重要。水具有強極性，很容易形成氫鍵，氫鍵的能量比凡得瓦力來得大，故應優先形成。 如果水與非極性基團混合，由於兩者無法形成氫鍵，故水分子為了增加自己的氫鍵數，會將非極性基團排除，故看起來好像是水與非極性基團之間有排斥力。 疏水鍵可說是「非鍵結作用力」的總和等效作用，與蛋白質結構有極密切的關係。 蛋白質二級結構（Secondary Structure） 蛋白質的氨基酸序列（一級結構）以及前述的作用力決定了其分子構造。由於 peptide bond 具有雙鍵特性，所以主鏈中只有兩個單鍵可以旋轉（Ca-N鍵之轉角為F，Ca-C鍵之轉角為Y），加上不可抵觸「空間限制」（steric constraint），這個特性是限制蛋白質構形（conformation）的主要原因。 F Ψ Ramachandran Plot 由於 F、Y 角度是決定蛋白質構形的重要因素，且只要知道 F、Y 角就等於知道了主鏈（main chain 或骨幹 backbone）的結構，因此分析蛋白質構形就由 F、Y 角開始著手。G. N. Ramachandran首先對已知結構蛋白質的 F、Y 角做統計，得到如右圖：紅色表示較常出現之 F、Y 對，白色表示「