快速多重序列局部对齐算法开发及其应用-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

黄明松 黄明松 中山大学硕士学位论文 中文摘要 随着基因组计划的实施，基因组序列信息高速增加，为我们提供了进行大批量的 长序列问多重比对分析的原始材料，然而现有的多重序列比对分析工具软件在面对数 量大，平均长度长的多重序列时显得无能为力，因此发展一种新的快速的能处理大量 长的多重序列的比对分析软件有重要的意义。 根据分子进化分析的基本原理，采用启发式算法，用先通过多序列间两两局部比 对，再以此为基础进行多重对齐的策略，开发了快速多重序列局部比对工具软件。接 着利用开发的快速多重序列局部对齐算法，构建快速进化树构建分析系统。并为上述 的两个分析系统构建界面友好的WWW服务平台，以方便有需要的研究人员应用它 们。在开发过程中，系统整合许多已有的研究成果和代码，软件资源(包括Blast，Phylip 等)，节省了人力物力和时间。最后利用构建的进化树构建分析平台，重建了23种杆 状病毒的系统发育树。该系统进化树的结果和以前采用传统方法所获得的结果具有高 度一致性。 从测试结果也能来看，在处理分析数量大，平均长度长的多序列时，本文系统较 传统方法能明显体现出高速度且有相对高的精确度优势。用户可以通过网址 http：／／life．ZSII．edu．cn／huang／huang_realign／获得本系统的WWW服务。 关键字：生物信息学，启发式算法，多序列局部对齐，进化树重建 Ⅲ 黄明松