生工生物Denovo转录组项目报告-生工生物工程.pdfVIP

生工生物 Denovo 转录组 项目报告 合同编号 客户单位 报告时间 适用范围 本项目分析报告适用于无参考基因组转录组项目，不同样本数分析内容会略有差别。 目录 1. 名词解释 4 2. 相关软件及数据库 7 2.1 软件 7 2.2 数据库 8 3. 实验流程 8 4. 分析流程 9 4.1 分析流程图 9 4.2 详细分析内容列举 9 4.3 分析步骤及方法简介11 5. 分析结果展示 13 5.1 测序质量评估及质控 13 5.1.1 测序质量评估 13 5.1.2 数据质控 16 5.2 denovo 转录本拼接 18 5.2.1 方法说明 18 5.2.2 结果展示 19 5.3 SSR 分析 24 5.3.1 SSR 分析 24 5.3.2 SSR 引物设计 26 5.4 Unigene 注释 27 5.4.1 各数据库比对 27 5.4.2 COG、KOG 注释 31 5.4.3 GO 注释 33 5.4.4 KEGG 注释 34 5.4.5 CDS 预测 35 5.5 RNASeq 测序评估 37 5.5.1 Mapping 结果统计 37 5.5.2 均一化分析 38 5.5.3 基因覆盖度分析 40 5.5.4 测序饱和度分析 41 5.6 表达量统计及样本间聚类分析 43 5.6.1 表达量统计及绘图 43 5.6.2 样本聚类分析 45 5.6.3 样本间相关性分析 47 5.6.4 样本间共同表达基因韦恩图 48 5.6.5 PCA 分析 48 5.7 SNP 分析（样本数大于等于2 时才做） 50 5.7.1 方法说明 50 5.7.2 结果展示 50 5.8 差异表达分析 52 5.8.1 方法说明 52 5.8.2 结果展示 53 5.9 差异基因表达模式聚类分析 57 5.9.1 方法说明 57 5.9.2 结果展示 57 5.10 差异基因GO 富集分析 61 5.10.1 方法说明 61 5.10.2 结果展示 61 5.11 差异基因KEGG 富集分析 65 5.11.1 方法说明 65 5.11.2 结果展示 66 6. 结果说明 69 7. 参考文献 77 1. 名词解释 Bp:base-pair，碱基对，读长的单位，每一个 bp 指一对互补的碱基。 Read：序列，测序数据中每一条序列就是一个 read。 Raw_reads: 原始数据。 Clean_reads：QC 之后的数据。 Fastq: 序列数据存储的标准格式之一，每 4 行为一条 read 的信息。包含测序 read 名，序列，正反 链标示，序列质量值。 Pair-end 测序：双端测序，两端均测序，随后合并成一条 read。 Single-end 测序：单端测序，只测一端，即为一条 read。 质量评分：指的是一个碱基的错