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Autodock 问题集锦 1. autodock 给出的 binding energy 可靠性如何？ Autodock 给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数！ 很粗略的 这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。 就如同 GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的 chemscore GOLD socre Cscore 等等 这样的打分函数！ 是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合的自由能。 除了 autodock 还有以下软件可以计算自由能或打分 a. 原来的 Insight2005（现在的 DS）中的 docking ，可以给出两者相互作用能。包括静电能 和范德华能。 b. dock 也能算， MM/PBSA 打分，另外 schrodinger 旗下的 macromodel 模块， prime 模块都 能算 binding energy 2. 用 autodock 做对接，请问里面格子大小及其中心的选择依据 格子的中心和你的活性位点有关 ~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可 能发生作用的区域就可以了 ~ 3. AUTODOCK 产生的氢键原理 在 AUTODOCK 4.0 做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成， 是蛋白中的一个蛋氨酸上的 -S-与配体中的 -O- 形成氢键 该 O 上没有氢，两边连的是 C 查看 TXT 文本，该 S 原子的类型为 SD ，也就是 S 是氢键给体 AUTODOCK 里定义的是 S 是氢键给体， O 是氢键受体。对于这个 H 键，显而易见， O 是 氢键受体，但是 S 是如何成为氢键给体的呢？它的两个键也是接的是 C 求助解释下， S 与 O 是如何形成氢键的？ 如果两个杂原子间距 （小于两个氢键键长） 和角度在一定范围内， 很多软件会认为它们能通 过 H 原子介导形成氢键相互作用，即共用一个氢原子，各软件定义的范围不同，此氢原子 亦可来自于水分子， 当然你对接过程中可能没有添加水分子， 实际上分子间空隙是会填充水 的 另外建议你用 Sybyl 看氢键会好一些 4. 使用 autodock 之前需要进行能量最小化优化吗？ 对接时， 计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接， 但寻找的方式有随机性， 在你设置 对接次数大时可能影响不大， 但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象， 如果对接之前 能量最小化了，不管设置的参数怎样，最低能构象一定在里面 5. 关于 AutoDock 输出结果中的能量值 下面是 autodock 运行 打分值最好的输出结果 Rank: 1_1 Binding Energy: -15.1 kI : 8.58pM Intermolecular Energy : -14.39 Internal Energy : -5.38 Torsional Energy : 3.84 Unbound Extended Energy: -0.83 Cluster RMS: 0.0 Ref RMS: 6.79 tutorial 中说 Dock Energy=intermolecular energy+internal energy 那么在此例中 Dock Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77, 而 Binding Energy=-15.1, 两者并不相等 , 但两者是平行的 ,按这两个能量值进行排序都得到相同的排序结果 我很困惑的是 如果 Binding Energy 就是我们关心的 Binding Free Energy( 结合自由能△ G),那 么 Dock Energy 又是什么含义 ? Dock Energy and Binding Energy 有什么不同 ,他们都是怎么定义的 ? 还有这里 Binding Energy 的单位是 kcal/mol 还是 kJ/mol 或是其它 ? 关于 docked Energy: 对接能量＝分子间能量 +分子内能量 关于 freeEnergy: 自由能＝分子间能量项 +扭转熵因子罚分项（这一项的值是一个常数乘 以配体内可旋转键数目， 此处我怀疑这一项的值要么是那个 unbound extended energy,是这一 项值的可能性比较大， 因为这两项加起来很接近 freeEnergy 的值， 但又不是绝对相等， 小数 点后总差点。 ） 分子间的结合自由能计算不应包括分子内能 ,这点我非常的认同 . 我的理解是文献中引用的能量值△ G(结合自由能 ,binding free energy)就是输出中的 binding energy,即 △G=binding free energy=binding energy,AutoDocK 结果中的△ G 应该直接计算得 出,