中华大学生物资讯学系蛋白质之重复序列之3D结构组员王光二、徐圣程.PDFVIP

中華大學生物資訊學系 蛋白質之重複序列之 3D結構 組員：王光二、徐聖程、林承俊、張正佳 指導老師吳哲賢: 老師 專題編號 :PRJ2007-BIOINFO-9304 執行期間:96 年2月 至97 年1月 一、 摘要 結構 ，而構成三級結構有氫鍵、離子 蛋白質 3D 結構及功能的關係是 鍵、雙硫鍵 、疏水性交互作用，最後 生物資訊極為重要的研究領域 ，可應 形成四級結構 ，蛋白質結構是由一長 用於製藥學及蛋白質體學上 。本專題 串擁有相似重複序列之相異蛋白質其 主要目的是搜尋已知蛋白質 3D 資料 相似生物功能特性 ，來提供蛋白質3D 庫內重複序列 ，藉由擁有相似重複序 結構及功能的關係之相關研究 ，由20 列之相異蛋白質其相似生物功能特 多種的胺基酸隨機排列組合。 性，來提供蛋白質3D結構及功能的關 首先利用廣為人知的蛋白質資料 係之相關研究 。 庫 PDB ，蛋白質資料庫的內容建立專 我們首先擷取最為廣泛使用的蛋 屬蛋白質資料庫 ，而後使用EBI 網站 白質 3D 結構資料庫 PDB 之相關資 中蛋白質比對重複序列軟體 料，利用APPSERV 製作我們專屬的蛋 RADAR ，並了解RADAR的輸入輸出 白質 3D 結構資料庫網站 。接著利用 和其中的參數 ，把特定蛋白質集成 RADAR軟體搜尋資料庫內之蛋白質 堆，嘗試利用 RADAR的方法找出蛋 重複序列 ，並將其3D 結構繪製及儲 白質重複序列 ，並且把取得的重複序 存。最後利用 CLUSTALW軟體搜尋 不 列結果建立成集 ，再來使用 同蛋白質之相似重複序列 ，來提供相 CLUSTALW 比對來判定蛋白質與蛋白 關研究 分析。 質重複序列相似程度 ，利用此方法來 推論蛋白質區間和功能 。 二、簡介 發現蛋白質功能是現今最關切探 三、專題進行方式 討問題 ，而研究蛋白質功能方法，可 我們小組細分為軟體組與資料庫 以利用結構不同，以此點著手來找出 重整組 ，軟體小組要先學會PHP語法 蛋白質功能 ，蛋白質的結構由一級結 SQL 與法等等 。資料庫小組要學會 構，而一級結構為胺基酸序列 ，由 MYSQL的利用 ，EXCEL 、ULTRAEDIT tRNA 上的補密碼和mRNA 上的密碼 的使用方法 。因為老師會找固定時間 子在核糖體中互相配對 ，二級結構在 和我們面談 ，並且教導我們學習任何 胺基酸序列鏈上形成氫鍵並構成 α 方向的資料 ，所以我們小組會將該禮 helix 、β sheet 、turn ，三級結構為一條 拜工作的份一起找時間完成 ，如表一 胺基酸序列鏈上完全摺疊之後的整體 所示工作進度表 。 表一、進度執行表 種資料型態 ，例如副檔名有PDB1 ， 收 P C 和 A 網 R C 專 ENT 等等。 D H P A L B I 建 P 頁 D U M 集