ncbi基因序列数据库使用跟检索方法新.pdf

维普资讯 2003年 12月 第 12期 NCBI基因序列数据库使用和检索方法 张见影 伦志军 李正红 (吉林大学，长春 130021) [摘 要] 针对基 因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位 ，介绍NCBI基 因序列数据库使用特点及其检 索方法。 (关键词】 数据库 ；基因序列 ；检索；NCBI [Abstract] Thearticle0w introductiontosearchstrategiesandfunctionofNCBIGenoma． 【Key ] database；gene；searching；NCBI [中图分类号]G252．7 [文献标识码】A [文章编号]1008—0821(2OO3)12一O224—02 NCBI基因序列数据库 (http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov) NCBI还收录了除GenBank以外的各种生物序列数据库，并 收录了 1981年至今各国科学家直接提交注册的基因序列、 每天利用国际互连网接收这些数据库传送 的最新数据 ，以 各种科技期刊论文中报道的基 因序列和各种专利中公开的 高度集成的方式向全世界的科技人员提供生物序列信息的 序列 。 检索服务。 1 因特网免费基因序列数据库概述 2 NCBI基因序列数据库的收录范围 分子生物学技术作为未来具有战略意义的高科技的前 NCBI检索系统收录 了许多基 因序列和蛋 白序列数据 沿领域，其发展受到世界各国的高度重视，生物序列信息 库，此外还提供 MENLING数据库的检索。其 中，GenBank 源的有效开发和利用对该领域 的发展至关重要。为促进生 数据库是NCBI检索系统中主要的基因序列数据库，该数据 物分子学技术的发展，许多国家都建立了专门的研究中心， 库收录了 1981年至今的各国科学家直接提交注册的基因序 由政府资助从事生物序列数据库及检索系统和检索软件的 列、各种科技期刊论文中报道的基因序列和各种专利中公 开发和研制，并通过因特网为科技人员提供生物序列信息 开的序列。另外 ，NCBI还收录了 日本基因序列数据库 DD． 服务。目前．intemet网上的生物序列信息源主要分布在美 BJ、欧洲基 因序列数据库 EMBL以及 SWISS-PROT、PIR、 国、13本和欧洲。其 中，比较著名的有美 国国家生物技术 PDB等蛋白序列数据库 。NCBI对系统收录的众多数据库进 信息中心 (NationalCenterforBiotechnologyInformation)开发 行了整合 ，为用户提供 了集成程度非常高的检索工具 ，可 的genbank数据库、31本的DDBJ核酸序列数据库 、欧洲的 以使用户方便地实现多个数据库集成化大规模检索。 情 EMBL核酸数据库 ，此外还有许多其他蛋 白序列数据库 、 3 NaⅡ系统提供的检索功能 报 序列分析软件及工具 。 NCBI提供多种生物序列数据库和集成化检索工具 ，用 纵 横 在众多的基因序列数据库 网站 中，NCBI系统是集成化 户根据 网址http：www．ncbi．nlm．nih．gov进入 NCBI主页后可 程度最高的综合性生物序列信息库 ，是世界各 国生物学家 以看到在 NCBI主页上方的导航条 中有许多检索工具选择 ， 使用最普通的序列检索和分析工具，在世界生物分子学研 其 中包括 ： 究中发挥着巨大的作用。