本科毕业论文--辽育白牛肌肉生长发育标记基因MSTN靶向MicroRNA鉴定.docVIP

学号： 毕 业 论 文 （ 2014届本科） 题 目： 辽育白牛肌肉生长发育标记基因 MSTN靶向MicroRNA鉴定 学 院： 畜牧兽医学院 专 业： 动物科学 姓 名： 指导教师： 完成日期： 2014年6 月 12 日 目 录 TOC \o 1-3 \h \z \u 摘 要 1 Abstract 2 前言 3 1试验材料与方法 8 1.1试验动物与来源 8 1.1.1 血液样品 8 1.1.2 肌肉组织样品 8 1. 2试验所需药品和试剂 8 1. 3主要仪器设备 9 1.4主要试剂的配制 9 1.5 DNA的提取 10 1.5.1天根血液试剂盒提取全血基因组 10 1.5.2肌肉组织DNA提取 11 1.5.3 DNA浓度和纯度的检测 11 1.6引物设计 12 1.6.1 辽育白牛MSTN基因引物为I-5-1片段的PCR扩增 12 1.6.2 PCR反应条件的优化 13 1.6.3 PCR反应体系建立 13 2 结果与分析 15 2.1 序列鉴定 15 2.1.1 序列分析 15 2.1.2电泳结果 15 2.2测序结果 16 2.2.1 MSTN基因3′-UTR生物信息学特征 16 2.2.2 MSTN靶标miRNA分析 17 2.2.3 MSTN靶标miRNA结构 18 3.讨论与结论 20 3.1讨论 20 3.2 结论 20 参考文献 21 致 谢 23 辽育白牛肌肉生长发育标记基因MSTN靶向MicroRNA鉴定 沈阳农业大学学士学位论文 PAGE 22 PAGE 1 摘 要 为了研究辽育白牛肌肉生长发育标记基因 MSTN靶向MicroRNA鉴定，本试验通过对辽育白牛DNA的提取睾丸组织DNA提取、DNA浓度和纯度的检测、 引物设计以及测序结果，试验结果表明利用在线软件查找牛的miRNA，牛的靶标miRNA库包含687个相关miRNA，用MicroInspector软件将MSTN基因与牛的miRNA结合情况分析后发现MSTN基因的3′-UTR可以结合5个miRNA（图25）。发生突变后结合的miRNA的情况没有发生变化，分别在+5 819bp位与bta-miR-2451 MIMAT结合，分别在+5 222bp位与bta-miR-210 MIMAT0结合，在+5 136bp位与bta-miR-769 MIMAT0结合，在+5 609bp位与bta-miR-2288 MIMAT结合，在+5 187bp位与bta-miR-27a-5p MIM结合，结合的自由能几乎相近，其中bta-miR-2451 MIMAT的结合自由能最高为-21.4，所有与MSTN结合的5个miRNA的碱基序列以及在MSTN基因上对应的靶标序列和结合自由能见表详情见表7。发生SNPs后MSTN基因的miRNA结合情况没有发生改变，可见+5 304bp位点A到C的突变，+5 378bp位点C到G的突变，+5 387bp位点位点C到T的突变并没有对MSTN基因与miRNA的结合造成影响，也许并非是功能突变。使用RNAhybrid分析列表中前两个miRNA二级结构，bta-miR-2451序列为5′-augaggugcucuggagagugga-3′，且长度为22bp，其靶标前体长度为32bp，mfe值为-28.2。bta-miR-210序列为5′-acugugcgugugacagcggcuga-3′，且长度为23bp，其靶标前体长度为32bp，mfe值为-24.9。 关键词：辽育白牛； DNA； 结合； 二级结构； MSTN； MicroRNA Abstract In order to study LiaoYu white cow muscle growth and development of marker genes MSTN MicroRNA targeting identified, through the extracting of LiaoYu white bulls DNA, testicular tissues DNA