蛋白质化学-蛋白质结构.ppt

（四）自由回转（无规则卷曲） 是指没有一定规律的松散肽链结构。酶的功能部位常处于这种结构区域中，因此受到了人们的重视。 1、超二级结构（super secondary structure）：在蛋白质中经常存在由若干相邻的二级结构单元按一定规律组合在一起，形成有规则的二级结构集合体，称为超二级结构，又称模体（motif）。 四种类型的超二级结构 二、超二级结构和结构域 2、结构域 结构域（domain）：在较大的蛋白质分子里，多肽链的空间折叠常常形成两个或多个紧密的、近似球状的结构区域,它们之间由舒展的肽链连接。 由β-折叠、α-螺旋形成的结构域 丙酮酸激酶的一个结构域 免疫球蛋白的一个结构域 四、三级结构 三级结构（tertiary structure）：指一条多肽链在二级结构（超二级结构及结构域）的基础上，进一步盘绕、折叠而成的具有特定肽链走向的紧密球状结构, 或者说三级结构是指多肽链中所有原子和基团在三维空间的排布。 肌红蛋白的三级结构及其结合的血红素亚基 三级结构的稳定主要靠非共价相互作用，S-S键也发挥重要作用。 氨基酸亲水的基团分布在分子的表面，疏水的基团在分子的内部。 维持三级结构稳定的作用力 主要是非共价键 1、氢键：维持肽键折叠结构的主要因素，有方向性和饱和性 2、疏水相互作用：疏水基团为避开水相而相互靠近 3、范德华力：原子间的非特异性吸引力 4、离子键：相反电荷的基团之间的静电吸引力 5、配位键：在两个原子之间，由其中一个原子单独提供电子对而形成的一种特殊的共价键 此外，在某些蛋白质中还有二硫键 五、蛋白质四级结构 四级结构（quaternary structure）：多个具有三级结构的多肽链（称亚基，Subunit）的聚合。或者说，四级结构指亚基的种类、数目及各个亚基在寡聚蛋白中的空间排布和亚基之间的相互作用。 血红蛋白的四级结构 四级结构的稳定主要靠是疏水作用力，另外还有离子键、氢键、范德华引力等 。 血红蛋白由4个亚基组成（α2β2），每个亚基都与肌红蛋白非常相似。 亚基特点 1、独立存在的亚基无活性。2、亚基间呈特定的三维空间排布，依赖次级键维持其结构稳定 ． 3、蛋白质分子中亚基可相同，也可不相同。 4、亚基一定是肽链，但肽链不一定就是亚基。 血红蛋白的四级结构 （1）非共价键 氢键 离子键 范德华力 疏水作用 （2）共价键 二硫键 维持蛋白质空间结构中重要的化学键 小结（重点） 1、蛋白质各层次结构的概念及主要化学键 2、蛋白质的一级结构：肽、肽键的性质及方向性 3、蛋白质的空间结构：二级结构单元（ ?-螺旋、?-折叠、 ?-转角、自由回转）、三级与四级结构（超二级结构、结构域、亚基）的特点及相关计算 已知某相对分子质量为240000的蛋白质多肽链的一些节段是α螺旋，另一些节段是β折叠，其分子长度为5.06×10-5cm,求分子中α螺旋和β折叠的百分率（2003年西南农业大学考研题） 注：蛋白质中氨基酸残基的平均相对分子质量为120 作 业 * * * * * 为防止巯基重新氧化，可用碘乙酸、碘乙酰胺、乙腈、氨乙基等使其烷化，进行保护 拆开的肽链要进行分离纯化，方法有：凝胶过滤、离子交换层析、电泳等 （3）分离纯化多肽链 （2）巯基化合物还原法-先拆除后再固定 3、每一条肽链的氨基酸组成分析 （1）酸碱水解：6mol/L HCL或4mol/L H2SO4， 5mol/L NaOH可使蛋白质完全水解。用氨基酸分析仪进行测定（或层析法）。 表示方法：每摩尔蛋白质中含氨基酸残基的摩尔数。或100克蛋白质中含氨基酸的克数。 （2）酸碱水解的特点 优点：不引起消旋作用，得到的是L-氨基酸 缺点：Trp被完全破坏，羟基氨基酸（Ser和Thr）有一小部分被分解，同时Asn和Gln的酰胺基被水解，有NH3产生 优点：不破坏Trp。 缺点：水解过程中多数氨基酸遭到破坏，且产生消旋现象，所得产物是D-和L-氨基酸的混合物。此外，碱水解使精氨酸脱氨，生成鸟氨酸和尿素。 酸水解 碱水解 4、氨基酸末端分析 N-末端分析 （1）Sanger试剂：2,4-二硝基氟苯法（DNP、NDFB、FDNB法） （2）二甲基氨基萘磺酰氯法（DNS-Cl法、丹磺酰氯法） （3）异硫氰酸苯酯法（PITC法、Edman法） 单肽链＋PITC?PTC－多肽?酸性有机溶剂中加热?PTH－氨基酸＋余下的肽链 抽提：用有机溶剂，层析鉴定。可连续降解几十个氨基酸残基 C-末端氨基酸分析 肼解法：NH2NH2 还原法：硼氢化锂（LiBH4） 羧肽酶法：肽