一种新的基因注释语义相似度计算方法 (生物信息学)资料精.pdfVIP

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2019-06-29 发布于湖北
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一种新的基因注释语义相似度计算方法 (生物信息学)资料精.pdf

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一种新的基因注释语义相似度计算方法 (生物信息学)资料精

第8卷第1期生物信息学 VoL8 No．1 201 China ofBioinformatics 0年3月 Journal Mar．，2010 一种新的基因注释语义相似度计算方法吴飞珍1，马文丽1’如，王旺迪3，陈启龙1，郑文岭1’2 摘要：基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释，有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是，根据基因注释如何比较基因的功能相似性，这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法，这种方法在本质上是基干基因的生物学特性，其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关，只与结点在GO图的位置有关，语义相似度可被重复利用。它既考虑了基因所映射的GO结点深度，又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响。文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验，实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度。关键词：基因本体；基因注释；语义相似度中图分类号：TP391文献标识码：B 文章编号：1672-5565(2010)一01—023—07 Anew tomeasurethesemantic of annotation similarity approach gene WU Fei．Zhenl，MAWen-Lil·舢，WANGWang—Di3，CHENQi—Lon91，ZHENGWen—Lin91’2 (J．B／oe／ectorn／cCenter，ShanghaiUniversity，ShangHai200072。China； Genetic 2．Institute of En#neenng矽SouthernjlIkdfc耐UmⅢsity，Guw咖u510515，China； 325011。China) 3．zhq洒唔OrientProfessionaltechnique∞龇ge．z蛔iang the tackles thatthe$剖tne aconsistent the Abstract：Althoughgeneontology(GO)providesgeneannotation，whicheffectively problem a肥describeda8different vocabulariesin data80l／rces．However．thereisstillnoeffectivemethodtode— genes biological heterogeneous terminethefunctionalsimilaritiesof basedon annotationinformation．The anewmethodtOmeasurethese- genes gene paperproposed of of manticsimilaritiesof annotations．The basedon semanticsimilarities gene ap