Visualizer模块快速入门教程概要.docVIP

Visualizer 模块快速入门教程 下面的教程将示范如何使用 Visualizer。 z 管理 Project: 介绍 MS Modeling 中的 Project，并示范如何使用它们管理工作 流文件。 z 绘制简单分子: 介绍用于绘制链和环的绘制工具，编辑键级和元素类型并且 测量不同的几何性质。 z 绘制卟啉分子: 显示如何操纵片断并使用 Display Style 对话框。 z 绘制有机金属结构: 介绍片断浏览并示范如何使用 Find Symeetry 工具。 z 将分子对接到表面: 介绍了用于连接晶体结构的表面模建。 z 使用聚合物模建工具: 介绍了构建多种类型聚合物结构的聚合物模建工具。 z 使用层模建工具: 先是如何使用层模建工具来构造一个界面和金属-聚合物金属分层结构。 z 使用晶体模建工具: 介绍用于构造并可视化 3D 周期结构的晶体模建工具。 1.管理 Project 背景 当你正在运行一些高级的操作，例如 Discover 或者 Amporphous Cell 工作的时候，会生 成具有不同文件名的不同文档。要使管理这些文档变得更简单，MS Modeling 有一个叫做 Project Explorer 的文件管理器。 它与一些高级程序程序语言包如 VC++的文档管理系统相似。 与程序可以生成文档和文件夹相同， 你也可以生成自己的文件夹和文档来订制文档组织并帮 助你纪录所作的工作。 介绍 本教程分为两个部分。第一部分描述了一个简单的 Project，在这里你会看到如何执行 计算，例如能量的最小化。第二和以后的部分将通过生成自己的 Project 来进行指导。因为 处理 Project 是 MS Modeling 中的一个基本部分，也是进行其它教程的参考部分。 (1.例子 Project 的示范性细目分类 此部分由一个例子 Project 的细目分类组成。只用于示范目的，不牵涉到任何要完成的 工作。在这个例子中，一个 m-二甲苯已经被导入并进行了最小化，然后执行了动力学运算 并对其进行了分析。现在对其进行细分来反映每一步在 Project 管理中的变化。 a.一开始输入 m-二甲苯后的 Project 图。 b.在最小化运算后，一个 m-xylene Disco Min 文件夹出现，最小化后的结构被放到了此 文件夹下(以蓝色高亮显示。.out 文档包含了 Discover 计算中的信息。 c.执行完动力学计算后的情况，数据被放置到 m-xylene Disco Dynamics 文件夹下。 m-xylene.xtd 是轨迹文档，包含了动力学模拟情况。 d.经过动力学运算后进行分析以评定长度分配。信息存储在高亮显示的 m-xylene.tbl 文 件中。 这是一个标准计算的布局图。 每一个新的计算都基于前一个计算的结果， 新的子文件夹 将加入到文件树中。这就允许你按照文件树来查询试验路径。如果你想在同一个 Project 中 要建造并最小化第二个分子，那么你需要从根目录下找第二层文件树。 注意：当前激活的文档用黑体来显示。 (2.生成新的 Project 见教程一中第一部分。 (3.使用自动保存 MS Modeling 中有自动保存功能， 会在指定的时间间隔内将文档的变化自动保存到硬盘 上。如果你需要在一定时间内自动保存文件，那么请确定该选项被打开，如果必须的话，请 设定两次更新之间的时间间隔。 从 Tools 菜单中选择 Options...。在 General 栏中，确保 Enable AutoSave 被选中，且时间 间隔为 10 分钟。 如果 MS Modeling 被意外关闭，例如断电或者计算机重起，而在此之间你有一次机会 保存工作，那么在重起之后就会有机会恢复当前 Project 最后一次自动保存时的文档。 注意：恢复的选项只有一次，如果拒绝恢复自动保存文件，那么这些硬盘上的信息就会 被删除。 此外，你可以通过在 Folder Locations 栏中指定位置来手动恢复自动保存的文档。 在 Options 中选择 Folder Locations。检查 AutoSave 文件夹的默认位置。 (4.输入模型 下一步是输入一个模型，以查看它会出现在 Project Explorer 的哪一个层次上。 输入文件后，会出现扩展名为.xsd 的文件，其位置在 Project Exploreer 中 MS Modeling 图标下的第一层。如果你没有看到扩展名，那么请在 Windows 文件浏览器的文件夹选项部 分取消“隐藏文件扩展名”一项前的勾。 (5.产生表格文档 为了查看 MS Modeling 下的一些实际应用程序，需要生成一些文档进行处理。这可以 通过运行粉末图案计算来快速完成。 在这里不需要进