药物设计学-10第十章-基于化学基因组学的药物设计.pptxVIP

第十章 基于化学基因组学的药物设计; 上世纪中叶，科学家通过实验证明DNA是遗传物质；随后DNA双螺旋结构、中心法则等一系列研究成果的提出，遗传信息的携带者——基因——成为人类生命科学研究的重点。 而人类基因组计划的顺利完成，使人类第一次在分子水平上全面认识了自己，从此开始了后基因组时代。; 本章将从化学信息学入手，重点对研究“从基因到药物”转变的化学基因组学技术进行论述。;内容提要;第一节 化学信息学;化学信息学是化学科学的一门新的、交叉领域的分支学科，它的产生与发展是基于化学信息量指数般增长，特别是组合化学及高通量筛选的迅速发展。 化学信息学的产生与发展是与药物研究与开发息息相关的，但它的应用却覆盖了化学学科的各个领域。对化学信息学的研究也成为热门方向之一。;一、化学信息学的基本定义;关于化学信息学的定义及研究领域，目前国内外的学者尚存在争议。 化学信息学 利用计算机及其网络技术： 对化学信息进行表述、管理、分析、模拟和传播； 实现化学信息的提取、转化与共享； 揭示化学信息的内在实质与内在联系的学科。;ADMET 药物的吸收、分布、代谢、排谢、毒性;二、化学数据的分析和化学数据库的创建;化学计量学 运用数学、统计学、计算机技术以及其他相关学科的理论与方法，优化化学量测过程，并从化学量测数据中最大限度的提取有用的化学信息。 ; QSAR quantitative structure-activity relationships 一种借助分子的理化性质参数或结构参数，以数学和统计学手段定量研究有机小分子与生物大分子相互作用、有机小分子在生物体内吸收、分布、代谢、排泄、毒性等生理相关性质的方法。; ; 2.2 化学数据库的创建 化学信息可分为与传媒有关的信息及与物质有关的信息。 化学信息的形式包括：文字、符号、数字、形貌、图形及表格等。这些化学信息最主要的组织、管理形式是形成数据库。 化学数据库的创建包括化学信息的创建、存储和展示。;随着人类进入后基因组时代，化学信息学得到了飞速的发展，各种化学信息数据库的创建也有很大发展。 世界上许多著名的公司都建立了化学信息系统和化学数据库。中国科学院化学部也建有专门的化学数据库。 近年来，我国也非常重视中药数据库的建立和完善，并取得了初步的成果。;数据库 分子文库计划（美国国家健康研究院） 小分子生物活性数据库（哈佛大学） 蛋白质结构信息集成检索数据库 药物数据库、药物与天然产物数据库（中科院上海有机所） 世界药物索引;致癌性数据库 化合物结构数据库 化学反应数据库 毒性化合物数据库（中科院上海有机所） 中药化学数据库（中科院过程工程研究所）;*ACS数据库(http:)中与药物化学或合成有关的杂志 Journal of American Chemistry Society Journal of Medicinal Chemistry Journal of Organic Chemistry Organic Letters Organic Process Research Development Journal of Natural Products;*ELSEVIER数据库(http:)中与药物化学或合成有关的杂志 Bioorganic Medicinal chemistry Bioorganic Medicinal Chemistry Letters European Journal of Medicinal Chemistry Tetrahedron Tetrahedron Letters Tetrahedron: Asymmetry;*John Wiley (http:)数据库中与与药物化学或合成有关的杂志 Angewandte Chemie International Edition European Journal of Organic Chemistry *RSC () 数据库中与与药物化学或合成有关的杂志 Chemical Communication Green Chemistry New Journal of Chemistry Organic Biomolecular Chemistry;*万方数据、维普中文科技期刊、CNKI中国期刊全文数据库中部分与药物化学或合成有关的杂志;三、先导化合物的发现与结构优化;根据化合物库的来源不同，可将发现先导化合物的方法分为以下四种： 大范围、多品种的随机筛选发现先导化合物； 通过主题库的筛选发现先导化合物； 基于已有知识进行的定向筛选发现先导化合物； 运用虚拟合成和虚拟筛选发现先导化合物。;在实践中，从化合物库发现新颖的先导化合物并非只用