第十三章 新一代测序技术与复杂疾病.pptx

生物信息学;第十三章 新一代测序技术与 复杂疾病;学习提纲; 难点 ;第一节 引言 （Introduction）;、第一代测序技术;二、新一代测序技术迅速发展;第二节 新一代测序技术概述;一、新一代测序技术基本概念;（二）测序分辨率、覆盖度与测序深度;二、新一代测序技术常见测序仪及工作流程;有这些新型测序仪都使用了一种新的测序策略： 循环芯片测序法（cyclic-array sequencing），也可将其称为“新一代测序技术或者第二代测序技术”。;工作流程（Roche）;emPCR 和桥式PCR示意图;三、新一代测序数据存储、处理与分析;（一）新一代测序数据格式与质量编码;（二）测序短片段在参考基因组中的定位;（三）新一代测序数据库;Sequence read Archive （SRA）;;根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类： study—研究课题 experiment—实验设计 run—测序结果集 sample—样品信息;;??击 Run、Sample、Experiment、Study 可以进行相关内容的检索 ;;层次关系;The Run Browser;;Filtering and Selection;Name of a spot plus a window in pixels around it.? EXWA4RL02G9Z6H X=100 Y=100?- will return all spots located within 200 pixels （in X and Y） from a given spot. ;Downloading Data from the Run Browser;Using SRA Data;四、新一代测序短片段比对; 第三节 DNA测序技术及应用;外显子组是指全部外显子区域的集合，该区域包含合成蛋白质所需要的重要信息，涵盖了与个体表型相关的大部分功能性变异。 外显子组序列捕获及第二代测序是一种新型的基因组分析技术。 与全基因组重测序相比，外显子组测序只需针对外显子区域的DNA即可，覆盖度更深、数据准确性更高，更加简便、经济、高效。 可用于寻找复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症的致病基因和易感基因等的研究。;二、DNA测序数据分析方法;A?good Illumina dataset?VS A?poor Illumina dataset;（二）片段比对：Bowtie;生殖细胞突变召回 体细胞突变召回 拷贝数变异（copy number variation，CNV）识别 SV识别;（四）数据可视化：IGV ;三、DNA测序应用;?De novo测序即不借助任何参考序列信息对某物种进行测序，然后用生物信息学的分析方法对测出的序列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。 可应用于细菌、真菌、动物和植物等的基因组测序 宏基因组测序 ;metagenomic;如何利用重测序进行SNP分析？;（3） 根据一定规则来筛选可靠的SNP位点，这些规则会因为不同需求有所不同，如MAQ中规定： ①SNP位点附近3bp内没有另外的SNP； ②SNPs的覆盖度要大于3； ③SNP必须有质量分数60的序列覆盖； ④在任意连续的10bp中不超过3个SNP； …… （?4） 为了更直观地查看SNP位点信息，可以使用一些可视化的软件进行画图。;SNP 可视化;基因拷贝数变异：copy number variations ;High Throughput DNA Sequencing based Methods to detect CNVs;Rare variants;四、DNA测序技术应用于复杂疾病案例; 第四节 RNA测序技术与数据分析;、RNA测序技术流程;二、RNA-seq 数据分析;由于测序错误引起的碱基插入、缺失、错配等现象使得reads比对更为复杂，影响比对结果的准确性。 在序列比对过程中，一个read可能比对到基因组的多个位置。 ;常用比对软件;（二）转录组的重建;常用装配软件;（三）转录本的表达定量;（四）RNA-seq的差异表达分析;差异表达分析的软件;三、RNA-seq的应用;同一基因产生的不同结构的mRNA和蛋白质也被称作可变剪接异构体。 可变剪接的方式主要包括5种类型：外显子盒、外显子互斥、可变5’供体、可变3’受体和内含子保留。 可变剪接广泛存在于人类细胞中，极大地丰富了mRNA和蛋白质的种类和功能。 ;2.RNA-seq识别可变剪接;目前常用的基于RNA-seq的识别可变剪接软件，TopHat的工作流程：;步骤 1.reads基因组比对 2.预测潜在外显子 3.预测可能的剪切方式 4.匹配识别剪接位点