基因芯片系统教学课件.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * 肝癌组织与正常肝脏组织 　筛选肝癌相关侯选基因及基因诊断 不伴与伴有肝内转移 遗传背景相同但转移力有明显差异的两个细胞系MHCC97 - L和HC2CLM3 的基因表达谱的差异 　肝癌转移相关基因的表达分析 肝硬化的不同病毒类型的肝细胞癌(HCC) 的差异基因表达 　病毒性肝炎与肝癌关系的研究 　肝癌相关耐药基因的分析 　药物及理化因素对肝癌基因表达谱的分析 * NimbleGen DNA甲基化芯片 抗5‘甲基胞嘧啶核苷抗体 Agilent microRNA芯片 the miRNA expression profiles of various subsets and stages of T cells miR-29a and miR-29b were downregulated in IFN-γ-secreting T cells miR-29 suppresses immune responses to intracellular pathogens by targeting IFN-g. 基因芯片与药物研发：分析代谢途径和信号调节通路 直接在基因水平上寻找药物靶标,解释药物作用机制,检查药物的毒副作用，确定药物作用相关的靶组织，预测药物的副作用，进而通过对不同组织的药物选择性试验，使药物的副作用减少到最小程度 研究各种基因突变/变异与药效及安全性的关系 确认与药物效应及药物吸收、代谢、排泄等相关的基因，查明这些基因的多态性，鉴定全新的药物效应基因 * * 成功鉴别了甲型、乙型流感病毒,并进行分型。2003年,我国在SARS领域第一个综合诊断生物芯片问世[ 16 ] 。 在遗传病诊断中, Falus[ 17 ]等应用DNA芯片技术检测突变的β - 珠蛋白,以诊断地中海贫血获得成 功。Kurg[ 18 ]等将地中海贫血病人的DNA的5′端固定在玻片上,经DNA芯片技术获得突变成功,认为DNA芯片技术可 用于DNA突变和多态性分析。 * * 基因芯片技术展望 基因芯片技术发展到今天不过短短几年时间,虽然还存在这样或那样的问题 , 但其在基因表达谱分析、基因诊断、药物筛选及序列分析等诸多领域已呈现出广阔的应用前景。 随着研究的不断深入和技术的更加完善基因芯片一定会在生命科学研究领域发挥出其非凡的作用. 从某种意义上我们可以这样认为: 基因的结构或种类决定物种; 基因的功能或表达则决定生命, 即生物的生、老、病、死. 基因芯片技术将为我们提供一条认识生命本质的捷径. 刘国元 遗传学楼4012室 gyliu@ * * * * * * * * 美国“Fortune”杂志在1997年3月重点介绍了基因芯片技术, 论述了未来产业化的前景,该文预测“在2005年仅仅在美国用于基因组研究的芯片销售额将达约50亿美元, 2010年有可能上升为400亿美元”。这还不包括用于疾病预防及诊治以及其它领域中的基因芯片，这部分预计比基因组研究用量还要大上百倍。 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 芯片图像的质量 芯片图像：整个图像比较均一，背景均一 杂质，例如太高或者太低强度的信号点，刮擦的痕迹，背景太高，信号强度不均一 GeneChip? 严密的质控步骤 样品制备 总RNA提取及cRNA制备均要量检、质检 芯片状况 四周、中心看见芯片名称的图样 看家基因对芯片质量进行评定 对照基因bioB，bioc，bioD and cre对芯片的灵敏度进行评定 系统运转对照基因 噪音值背景值质控仪器 聚类分析（cluster analysis） （Clustered display of data from time course of serum stimulation of primary human fibroblasts. ） PNAS 1998 Vol. 95, Issue 25, 14863-14868 ） (A) cholesterol biosynthesis, (B) the cell cycle, (C) the immediate-early response, (D) signaling and angiogenesis, and (E) wound healing and tissue remodeling. 四.遗传工程重点实验室 Affymetrix 基因芯片操作平台 芯片杂交箱 Hybridization Oven 640 全自动洗涤工作站 Fluidics Station 450 高