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硕士专业学位论文对环糊精包合能力排序的MD／QM方法发展及应 硕士专业学位论文 对环糊精包合能力排序的MD／QM方法发展及应 用 作 者：聂雪玫 指导教师：周宝晶 副教授 南京理工大学 2015年03月 万方数据 M．D．Dissertat．ionThe M．D．Dissertat．ion The development and application of a molecular dynamics／quantum mechanics approach for rank-ordering CD—-ligand binding affinity By XuemeJ Hie Supervised by Ass．P￥ot Baojing Zhou Nanj ing University of ScienceTechnology March，2015 万方数据 声 声 明 本学位论文是我在导师的指导下取得的研究成果，尽我所知，在本学 位论文中，除了加以标注和致谢的部分外，不包含其他人已经发表或公布 过的研究成果，也不包含我为获得任何教育机构的学位或学历而使用过的 材料。与我一同工作的同事对本学位论文做出的贡献均己在论文中作了明 确的说明。 研究生签名：蔓鱼塑 加·j年弓月2弓日 学位论文使用授权声明 南京理工大学有权保存本学位论文的电子和纸质文档，可以借阅或上 网公布本学位论文的部分或全部内容，可以向有关部门或机构送交并授权 其保存、借阅或上网公布本学位论文的部分或全部内容。对于保密论文， 按保密的有关规定和程序处理。 研究生签名：墨堡途 矽心年专月≥．；日 万方数据 硕士专业学位论文 硕士专业学位论文 对环糊精包合能力排序的MD／QM方法发展及应用 摘 要 环糊精是一类由D．吡喃葡萄糖单元通过0【．1，4糖苷键环合而成的低聚糖化合物。常 见的0【．、p．、丫．环糊精分别包含6、7、8个葡萄糖单元，具有杯状立体结构，整个分子 呈现“外亲水，内疏水”的性质，使得它可以包合许多弱极性的有机化合物形成超分子。 环糊精具有无毒、对环境友好和价格低廉易生产的优点，所以它在工业、农业、制药、 食品、手性拆分和环境治理等领域得到了广泛的应用。D．环糊精的内径大小适中，应用 也最为广泛。 本文采用分子动力学(MD)结合量子力学(QM)的方法研究环糊精及其衍生物对 客体分子的相对包合能力。利用分子动力学模拟来搜索水溶液环境中13-CD及其衍生物 包合客体分子形成包合物后的优势构象，并用量子力学方法进一步计算体系的包合自由 能。基于热力学循环，将水溶液中的包合自由能分为真空中的包合自由能和溶剂效应两 部分。我们通过计算13-CD和2，6．二甲基．B．CD对不同的客体小分子的包合能力来验证 模型的可靠性。结果表明，我们的模型虽然存在近似，但两种环糊精体系对小分子包合 能力的理论计算值与实验值吻合，能够对包合能力的大小进行正确的排序。 关键字环糊精，分子动力学模拟，量子力学，溶剂效应，包合自由能 万方数据 Abstract Abstract 硕士专业学位论文 Abstract Cyclodextrins(CDs)are bucket shaped cyclic oligosaccharides consisting of D—glucopyranose units by cc一1．4 glycosidic bond。The most common a．．13．．y-CD are composed of 6,7，8 glucose units，respectively．Their properties of hydrophilic external surface and hydrophobic internal cavity make them possess remarkable capability of encapsulating a variety of non—polar or weakly polar guest molecules in aqueous solutions．They have been widely used in industrial，agricultural，pharmaceutical，food，chiral resolution and environmental applications since they are non-toxic，environmentally friendly,and inexpensive to produce．13-CD is the