2011研BI+第6讲+生物信息中心（要点） .pptVIP

3. Entrez NCBI开发了Entrez 数据库查询系统，用于对GenBank 等分子生物学数据库以及生物医学文献摘要(Medline)等数据库的查询。 Entrez 采取自动列出相关记录的方法，实现同一数据库中不同条目或不同数据库之间的链接。当用户以关键词查找某个条目时，可以从查询结果所列出的条目中找到与其相关的其他条目，包括文献摘要、基因组和染色体图谱、核酸和蛋白质序列数据库、蛋白质结构数据库等，使用十分方便。 与SRS不同，Entrez 是一个封闭的数据库系统，用户无法添加自己的数据库。 4. Bankit Bankit 是GenBank 通过互联网进行操作的序列提交服务器。它允许用户通过界面友好的网页浏览器将新的序列提交到 GenBank。该序列及所有相关信息被传递到提交信箱并送到GenBank。GenBank 工作人员再与提交当事人取得联系，给该序列指定序列号。 5.OMIM (Online Mendelian Inheritances in Man) 这是关于人类基因和基因疾病的数据库，在遗传疾病的基础上绘制基因位点图谱。该站点特别适应那些关注遗传疾病的医生和医学科研人员。若要给OMIM的图像和文章以最适当的解释，那么对科学概念及其研究进展的坚实理解是十分必要的。 6. Taxonomy NCBI的Taxonomy主页包含一些生物的普通名称和科学名称的生物分类数据库，这些生物或多或少都包含有一些序列信息。该服务器允许用户得到种属遗传信息，观察相关和不太相关的种属间是如何联系的。 进化树是这种联系的代表。这些关联是基于相似的蛋白或核苷酸序列上的。该主页还与NCBI其他服务器链接(如Structure和PubMed )。 7. Structure NCBI的Structure主页支持与结构分析相关的分子模型数据库(MMDB)和各种各样的软件工具。 MMDB的信息是从the Brook haven Protein Data Bank (PDB)中获得的，包括重要生物大分子X线晶体衍射或核磁共振(NMR)的结果。 Ch3n是NCBI下为MMDB服务的结构可视软件，可在Entrez／Cn3DFTP站点获得。 Structure也提供如PKB和Threading的搜索工具，该软件可通过FTP站点获得，并要求起用Splus。 8. Books 这是NCBI与作者和出版机构合作建立的书籍目录查询服务项目，称为“Bookshelf”，主要收集生物医学书籍。在 PubMed 的条目下，有相关书目的链接。经过 Entrez 的查询可得到每个 PubMed 条目中有标注“Books‘’的链接，点击该链接可以查询到与每个PubMed 条目在主题上相关的生物医学书籍目录。另外，还可以通过 Entrez 直接输入查询的主题词，检索相关的书目。 （五）NCBI 中的Hot Spots (1) Cancer Genome Anatomy Project （CGAP）肿瘤基因组解剖计划。 (2) Clusters Of Orthologous Groups （COGs）同源异种组，确定进化树、 亲缘关系。 (3) Coffee Break 收集短小精悍的综述 和报告，有400字的内容和照片。 (4) Electronic PCR 电子PCR是查找DNA序列中的序列标签 位点（STS）、STS的PCR引物。 (5) Gene Expression Omnibus 收集基因表达的数据，如表达芯片、 杂交和基因表达序列分析。 (6) Genes and disease 收集基因突变导 致的遗传病、肿瘤等疾病。 (7) Human genome resources 人类基因 组资源，收集基因组计划资料，作图。 (8) Human map viewer 收集人类染色体 相关数据。 (9) Human／mouse homology maps 人类 和小鼠之间的同源的DNA序列片段。 (10) LocusLink 查找人类基因或位点的 准确信息。 (11) Malaria genetics genomic 疟原虫的遗传和基因