课件第3讲b BioEdit.pptx

BioEditJie Li 简介BioEdit是一个生物序列编辑器与分析工具软件，可在Windows 95/98/NT/2000中运行，基本功能是提供蛋白质核酸序列的编辑排列处理和分析。/bioedit/bioedit.html随着发展，BioEdit功能大幅增强，可用做序列编辑、RNA分析、寻找特征序列、质粒图绘制等。此外，BioEdit还支持诸如Blast、ClustW等外挂序列分析程序，可支持超过20000个序列的多序列文件。发展史1.0α/ 1.0α 版本都是未完成的问题版本；2.0版完成基本功能，并增加了图形界面；3.0版增加了疏水亲水面互交的2-D浮雕数据绘图和一些更多的序列操作法；4.0版为绘制和注解质粒载体增加了图形界面；4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储方法，允许快速保存和打开大的排列序列容量增加到20,000；在5.0版中增加了自动注解序列、手动使用所有的标准Genbank功能部件，且增加了序列排序和分型组控制注解行以及残基和非残基字符的鉴别；之后Bioedit功能趋于稳定，每版多为细节改动。功能序列编辑、手动/自动比对蛋白质序列分析氨基酸组分分析疏水性轮廓信息熵图RNA分析RNA序列比对、结构预测等质粒图质粒图：编辑、修改和标识质粒序列；编辑限定性内切酶位点；增加删减限定性内切酶；绘制以限定性内切酶标识的质粒图；外挂程序安装目录bioedit/apps/下序列编辑比对BCL2家族蛋白为例：序列输入序列编辑序列比对比对结果显示其它序列输入手动输入文件输入剪切板输入网络获取手动输入File-New alignmentSequence-New sequence增添新序列信息名称类型内容保存、应用描述文件输入支持格式GeneBank格式Fasta格式NBRF/PIR 格式Cluster/Phylip 格式GeneBank格式下载内容Fasta格式NBRF/PIR 格式PhylipTask1： 输入BCL2登陆到GeneBank网站，搜索下载如下6个物种BCL2 protein，存成*.gb文件。[Bos taurus][Mus musculus][Rattus norvegicus][Epinephelus coioides][Felis catus][Danio rerio]从File-New alignment，打开其中一个新文件，然后从File-Import-Sequence alignment file内复选所有*.gb文件，将6种物种的BCL2序列同时导入。另，请尝试从File-Open中直接复选导入6物种BLC2序列的结果。Task1: 结果序列编辑操作主要在Edit菜单，但也有些快捷键编辑模式Sequence菜单里也有部分序列编辑选项，如双序列比对首先，选定待比对的两序列其次，到Sequence-Similarity Matrix内选定打分矩阵最后，到Sequence-Pairwise alignment里选择比对算法。结果结果图形显示以比对结果为活动框，打开File-Graph view，可进行更精细人性化的显示。Task 2: 序列编辑和比对对导入的BCL2序列尝试进行插入gap和删除gap，大小写转换，序列彩色显示；任选两条BCL2蛋白序列，选择打分矩阵，进行双序列比对；用graph view显示比对结果，并尝试对界面中的显示选项做改变处理；Task 3: 使用Dot plot比对任选两条BCL2蛋白序列，使用Sequence-Dot plot，设置参数，进行比对，并查看结果。Task 4: 蛋白序列分析任选一条蛋白序列；到Sequence-Protein内，查看蛋白质组分疏水性分布图 相关资料BioEdit中/英文使用说明书；BioEdit+Guide.pptThank you!