课件第5讲a 蛋白质结构图形.pptVIP

第九章 蛋白质结构图形显示 通用的氨基酸颜色表达 通用的原子颜色表达 原子的表达形式 蛋白质结构的表达形式 Amino acids Colours ASP, GLU bright red CYS, MET yellow LYS, ARG blue SER, THR orange PHE, TYR mid blue ASN, GLN cyan GLY light grey LEU, VAL, ILE green ALA dark grey TRP pink HIS pale blue PRO flesh CPK colors Carbon light grey Chlorine green Oxygen red Bromine,Zinc brown Hydogen white Sodium blue Nitrogen light blue Iron purple Sulphur yellow Calcium,Metals dark grey Phosphorous orange Unknown deep pink 原子的表达形式 * 通配符 Cys 残基Cys hoh 水分子 A120 A链的第120位残基 A120-134 A链的第120位至第134位残基 *A A链所有原子 *.n? 氮原子 唯一地表示分子中的任意一组原子 逻辑表示：and, or, not 基本表达：直接—直接用氨基酸编号； 间接— 链的表示：Ser70A=Ser70:1 蛋白质结构的表达形式 All atoms Backbone Heavy atoms Trace Lysozyme (E.C.3.2.1.17)结构( PDB:6LYT) trace Secondary structure 蛋白质结构相关数据库 PDB SWISS-PROT SCOP, FSSP, HSSP, DSSP PROSITE, PRINTS, BLOCKS, Pfam COG 序列与结构练习 蛋白质序列与结构数据： alpha-乳清蛋白、溶菌酶的序列、结构； 人血红蛋白结构； Trypsin, chymotrypsin, elastase结构。 练习1： 将溶菌酶中的螺旋和折叠结构用卡通表示，其它以wireframe表示，并指出其中的H键； 显示溶菌酶中的二硫键（加粗）并将对应CYS的原子用同一颜色表示； 产生溶菌酶可及表面（注意不要包括溶剂分子）。