应用变性高效液相色谱技术建立胸苷酸合成酶基因多态检测平台-遗传.pdf

HEREDITAS (Beijing) 2007 3 , 29(3): 306―312 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.1360/yc-007-0306 张晓梅, 陈森清, 曹海霞, 吴建中, 马国建, 李金田 , 210009 : TS 基因 5′非翻译区(5′ untranslation region, 5 ′UTR)增强子区域(TS enhancer region, TSER)存在 28 bp 的2 次 (2R) 、3 次(3R) 的串联重复多态, 在 3R 等位基因第二次重复中还存在一个 G →C 的单核苷酸多态性(single nu- cleotide polymorphisms, SNPs), 同时在3′非翻译区(3′ untranslation region, 3 ′ UTR)存在 6 个碱基片段缺失/插入多 态。这些多态形式的存在影响了 TS 基因 mRNA 的稳定和翻译效率, 并可导致不同 TS 基因型肿瘤患者对以 5-fuorouracil (5-FU)为基础的化疗疗效产生差异。为提高 TS 基因型临床检测的效率和准确性, 方便、快捷、准 确和自动化区分各种纯合及杂合基因型, 设计多重 PCR 反应, 同时扩增 TS 基因 5′ 和 3′ 非翻译区多态所处片 段。利用 DHPLC 技术建立 TS 基因多态性检测平台, 在非变性条件下, 通过优化 DHPLC 洗脱梯度, 同时检测 5′ TSER 区的串联重复多态和3′ UTR 片段长度多态; 在变性条件下, 检测 5′ TSER 区单核苷酸多态。同时采用 PCR-RFLP 和 DNA 测序方法, 验证 DHPLC 分析结果。 : DHPLC; 胸苷酸合成酶; 基因多态性检测 Simultaneous detection of polymorphisms in the 3′- and 5′-UTR of thymidylate synthase gene using denaturing high-performance liquid chromatography ZHANG Xiao-Mei, CHEN Sen-Qing, CAO Hai-Xia, WU Jian-Zhong, MA Guo-Jian, LI Jin-Tian Jiangsu Institute of Cancer Research , Nanjing 210009, China Abstract: Polymorphism which is either in the thymidylate synthase (TS)enhancer region (TSER) of the 5-primer untrans- lation region (5′ UTR) or in the 3-primer untranslation region (3′ UTR) has been reported to be associated with the altera- tions in TS mRNA and protein levels. The TSER is characteristic of the presence of variable double (2R) and triple (3R) number tandem repeats (VNTRs). In addition to VNTRs, single nucleotide polymorphism (SNPs) in 3R, as well as the polymorphism of the fragment length(FLP) in the TS 3′-UTR which is characteristic of the presence or