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一文参透：lncRNA研究思路、模式和数据库应用... 作者：解螺旋.老谈 导语当很多小伙伴还徘徊在miRNA时，lncRNA已经横空出世，还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时，circRNA又开始崭露头角了。科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的： 1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA通过何种机制调节表型？ 老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。 其次，是lncRNA检测。可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。 再次，其研究方向根据研究目的而定。如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。 小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。归纳如下： lncRNA的功能分为3方面: 1. 通过修饰染色体参与表观调节；2. 通过与转录因子的相互作用参与转录调节；3. 通过影响mRNA处理过程参与转录后调节。在以上3个方向的研究中，其中转录后调节相对简单，大家在选择lncRNA的时候，可以对其序列做一下分析，看看自己研究的lncRNA是作为miRNA的sources还是sinks？ 另外两方面的调节机制均涉及RNA-蛋白质的相互作用。在没有目的蛋白的时候，此时不得不使用先进技术，用于检测RNA-蛋白质相互作用的实验手段如下：RNA-蛋白质相互作用的检测手段有nRIP、CLIP；lncRNA由于其长片段核苷酸序列，则碱基之间相互作用，通常具有二级结构，可通过RNase足迹等实验手段进行探讨；在染色体结构修饰作用中，还会涉及RNA-RNA的相互作用，可通过CHIRP等实验手段来研究。由于上述实验手段比较难得，lncRNA的机制研究相对还是比较困难。那我们该怎样进行lncRNA研究呢？咱换个思路，不要将lncRNA作为一个调节分子，而是把lncRNA当做和mRNA一样的分子来研究，尽管很少表达蛋白。在体外，可以通过分子干扰手段，进行分子及表型研究；在体内，也是如此。两者通过各种组合，那就等着发5分的文章吧。LncRNA研究模式我们先来谈一谈“老瓶”——基因研究模式。 首先向大家灌输“文章模块化拆解的核心思想”。打个比喻，不管是亿万富翁还是街头的流浪汉，作为人这个物种，他都有手脚心肝肺等，即使他们的外在地位不一样，但作为物种来讲，他们组成形式都差不多。基础科研的文章也一样，十篇文章可能有十个分值，但是他们的组成模块其实差不多，都是由“领域”、“分子”、“效应”、“通路”组成（如下图所示），不同的文章就是不通模块的组合。上面这个研究模式大家是不是很亲切？其实，lncRNA研究也可以装进上面那个老瓶里，只不过把“gene”换成“lncRNA”而已。下面是一个lncRNA普通模板实例：领域（胆囊癌）、分子（lncRNA）、效应{方法验证（敲减效率）、细胞层次（MTT实验、转移小室、克隆形成实验）和动物层次}。这篇文章并不涉及机制研究，所以各位小伙伴是不是觉得分外眼熟？除去机制研究，和普通基因的研究模式是不是很接近呢！ 基本套餐的lncRNA和基因研究不同点在于机制研究，两者的研究手段不一样。lncRNA机制研究的常用技术为：RACE技术、RNA pulldown技术、RIP（RNA immunoprecipitation）技术。幸运的是，目前lncRNA不需要做到机制层面也能发表一篇2-3分档次的SCI，有兴趣的小伙伴还不赶紧小试身手！ 经典的教科书上所记录的中心法则: DNA→RNA→蛋白。但是随着分子生物学的不断发展，非编