高通量测序技术及其在肿瘤研究中的应用剖析.pptVIP

高通量测序技术及其在肿瘤研究中的应用 汇报人： 目录 一、背景介绍 高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。  2019年开始 20世纪80年代中期 正在研发 目前常说的高通量测序是指用第二代测序技术来进行测序，第三代测序技术还不是很成熟，有的刚刚出现，有的则正在研制 第二代主要的测序平台 数据分析 样品的制备 文库的构建 二、测序流程 测序的流程 上机测序 Description of the company’s products Description of the company’s business Description of the company’s technology Description of the company’s contents 1. 对测序后生成的数据进行分析 2. 普通的分析：去除低质量数据，进行序列组装，评估测序质量等 3. 高级分析：对基因进行注释，分析表达情况、构建互做网络等 1. 在第二代测序仪上进行测序，设定程序 1. DNA序列打断、RNA序列要反转录为DNA序列再打断（超声破碎）200-300bp 2. 加接头，电泳选择片段大小 3. PCR扩增，转到Flowcell上 4. 文库质检（QPCR) 1. 组织样品的培养或病理样品的收集 2. 样品总DAN、RNA的提取 3. 质检（总量、纯度、完整性、有没有降解等） 三、对肿瘤研究的方法 DNA方向 1.实体肿瘤基因组学研究 一.研究目的和意义 寻找适用于肿瘤早期诊断、肿瘤分型、病程发展（恶化和转移）和预后的基因组分子标记，筛选药物的靶标。 二.研究对象 实体肿瘤的鉴别，按照临床病理分类，例如：肺癌、胃癌、肝癌、结肠癌、乳腺癌、宫颈癌、胰腺癌、膀胱癌、食道癌、肾癌等。 三.测序方案 Exome capture seq（外显组捕获测序）描绘基因组外显子区域的SNV（单核苷酸变异），Indel（插入 缺失）、CNV（拷贝数变异），分析基因变异和癌症的相关性。 Target capture seq（目标捕获测序）对一些功能富集的基因或研究人员感兴趣的基因组的部分区域进行捕获，分析基因变异对癌症的影响。例如：癌症相关基因（508个）、免疫（883个）、凋亡（1536个）、 细胞周期（1005个）、p53通路（162个）等。 Whole genome seq （全基因组测序）对基因组上所有的基因进行测序分析，找到大量的SNV、CNV、 Indel、SV（结构变异）等基因变异信息，更为全面的解析癌症发生发展的分子机制。 四.案例解析 1.外显组测序鉴定体细胞突变 2.外显组测序分析拷贝数和基因融合 3.全基因组重测序展示人类首个癌基因组图谱 4.全基因组测序解析基因组拷贝数变异 DNA方向 2.血液肿瘤基因组学研究 一.研究目的和意义 寻找适用于白血病早期诊断、疾病分期或分级、预后的分子标记，药物筛选的靶标，指导个体化用药的分子依据。 二.研究对象 血液病类型：骨髓增生异常综合症（MDS），多发性骨髓瘤，非霍奇金淋巴瘤，霍奇金淋巴瘤，慢性淋巴细胞白血病，慢性髓细胞白血病，急性淋巴细胞白血病，急性髓细胞白血病（急性粒细胞白血病）。 三.测序方案 Exome capture seq（外显组捕获测序）描绘基因组外显子区域的SNV（单核苷酸变异），Indel（插入 缺失）、CNV（拷贝数变异），分析基因变异和癌症的相关性。 Target capture seq（目标捕获测序）对一些功能富集的基因或研究人员感兴趣的基因组的部分区域进行捕获，分析基因变异对癌症的影响。例如：癌症相关基因（508个）、免疫（883个）、凋亡（1536个）、 细胞周期（1005个）、p53通路（162个）等。 Whole genome seq （全基因组测序）对基因组上所有的基因进行测序分析，找到大量的SNV、CNV、 Indel、SV（结构变异）等基因变异信息，更为全面的解析癌症发生发展的分子机制。 四.案例解析 1.对4个慢性淋巴细胞性白血病（CLL）进行全基因组