微生物新技术新方法在基因组组装应用解析.pptx

与“菌”共舞 微生物研究国际计划 微生物按领域分类 工业微生物： 酿酒、乳制品微生物，各种酶制剂生产菌等 农业微生物： 动植物病原菌，食用菌，生物固氮菌等 医学微生物： 肠道微生物，耐药病原菌，产抗生素放线菌等 环境微生物： 普通环境，极端环境，污染环境等 真菌 细菌 病毒 肠道 瘤胃 土壤 海洋 工业发酵 微生物典型的研究领域 湖泊 微生物研究我们关注什么？ http://www.cbs.dtu.dk/researchgroups/metagenomics/metagenomics.php 群落结构及物种组成 功能基因、代谢通路研究 分子机制研究 微生物样本 分离纯培养 仅能检测＜1%的微生物物种 分子生物学技术 微生物群落结构的全面解析 传统方法 2007年前，分子生物学方法 高通量测序 PCR-DGGE 实时荧光定量PCR 克隆文库 微生物培养 工作量大：克隆—构建载体—转化—单克隆选择—一代测序 微生物的研究技术基础 微生物研究现状：细菌和古菌 Schloss P D, et al. Mbio, 2016. 细菌、古细菌分别有1,411,234 、53,546个全长16S序列。 微生物研究现状：细菌基因组 提交到NCBI上的细菌和古细菌 基因组序列的个数 Land M,et al. Functional Integrative Genomics,2015. 数据截止到15年2月份 方法简介 研究现状 CAG方法 CAGs组装流程 396个样本，宏基因组测序共得到1782Gb数据，确定了7,381个co-abundance gene groups（CAGs），包括741个metagenomic species （MGS），用这些数据组装出238个高质量的基因组，另外有数百个病毒和基因元件。 研究现状 详细的step-by-step脚本见以下链接： /MadsAlbertsen/multi-metagenome binning, assembly and validation process 同一个群落中2个宏基因组文库，数据产出86Gb，共组装出31个细菌基因组，其中有丰度＜1%的物种，其中有12个为完成图或接近完成图。 研究现状 四核苷酸binning方法 技术原理 宏基因针对样本中所有的微生物基因组进行测序。 宏基因组数据包含大量微生物的基因组片段。 通过适当的分析方法可以组装某些低丰度的物种甚至未知物种的基因组序列。 典型的Contigs binning聚类图2 典型的bins聚类图 典型的Contigs binning聚类图1 技术路线 Contigs binning流程图 http://envgen.github.io/ Contigs binning方法总结 年份 期刊 样本来源 测序量 新物种情况 DIO号 方法名称 2016 BIOTECHNOL BIOFUEL 沼气池发酵液与牛瘤胃、大象粪便 131Gb 104个高质量的基因组bins 10.1186/s13068-016-0534-x CONCOCT 2016 Genome biology 波罗的海海域水体 236Gb 83个高质量的基因组bins 10.1186/s13059-015-0834-7 CONCOCT 2015 Nature 北极圈冻土层、活跃层土壤 84.2Gb MG 20.4Gb MT 22个Metagenomic bins 10.1038/nature14238 MetaBAT 2016 ISME 废水处理厂的厌氧分解池 ＞50Gb 3个高质量的Hyd24-12基因组 10.1038/ismej.2016.43 R Core Team 2014 Nature communication 季节性融化冻土层土壤 ＞20Gb 1个高质量的产甲烷菌基因组 10.1038/ncomms4212 bio-kmer_ counter /taxonomy-independent2-category 宏基因组单菌组装解析全球咸水微生物组 Hugerth L Wet al. Genome Biology, 2015. 样本选择： 波罗的海瑞典海域37个水体样本，季节连续取样，2m深取样 测序策略及数据量： 宏基因组测序 HiSeq 2500 PE100 总共236Gb 分析方法： 筛选contigs长度＞20000bp； contigs binning方法：CONCOCT（根据四核苷酸组成和差异的原理） 得到83个高质量的bins，依据bins之间的序列相似性，最终30个聚类明显不同clusters (BACLs）。 单拷贝基因来评估bi