条斑紫菜elF4A基因的电子克隆与试验验证.PDFVIP

第28卷第12期 水产 科 学 V01．Z8No．12 2009年12月 FISHERIESSCIENCE Dec．2009 条斑紫菜elF4A基因的电子克隆与试验验证 易乐飞，王 萍，周向红 (淮海工学院江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏连云港222005) 摘要：以拟南芥elF4A氨基酸序列为信息探针，在条斑紫菜EST(Expressedsequencetag)数据库中 transla- 找到高度相似的EST。通过人工序列拼接及RT-PCR确认得到了翻译起始因子4A(Eukaryotic tioninitiationfactors 4A。elF4A)基因PyelF4A的cDNA序列。该eDNA序列含有长1278bp的完整 kDa。长425 开放阅读框．编码蛋白(PyelF4A)分子量47．4AA。PyelF4A与小鼠、非洲爪蟾、水稻和 拟南芥等多种动植物的elF4A具有较高的序列一致性，含有elF4A的保守基序。 关键词：条斑紫菜；翻译起始因子4A；电子克隆 中图分类号：Q781 文献标识码：A 文章编号：1003-1111(2009)12-0775-04 随着表达序列标签(Expressedsequencetag， 在蛋白质生物合成过程中发挥作用外，最近的研 EST)数据库(dbEST)的快速和持续增长，电子克 silico 隆(In 程中，eIF4A通过非翻译依赖性的方式，促进了下 cloning)已成为快速获得未知新基因全 长或部分cDNA序列的基因克隆方法之一[1]。电游信号成员Mad和Medea的降解。目前尚无条斑 子克隆以数字算法为手段，以计算机和互联网为工 具，利用现有的EST和生物信息数据库，在未注释 道，笔者采用生物信息学方法，克隆得到了的cD— 的生物序列上挖掘未知新基因[23；进而用生物学试 NA序列，并对其进行了分析和试验验证，表明电子 验进行编码区和功能验证，为后续研究提供新的线 克隆在条斑紫菜中同样有效。 索和基础。电子克隆与其他基因克隆方法相比，可 1材料与方法 以充分利用已有数据资源，避免大量重复劳动，节 1．1 电子克隆 省时间和开支，加快新基因发现。目前电子克隆已 广泛用于人、小鼠等模式生物的基因分离与鉴 1．1．1数据库和软件 定[13；然而，条斑紫菜(Porphyrayezoensis)新基因核酸数据库为美国国立生物技术信息中心 Centerfor Information， 克隆上才刚刚起步，条斑紫菜基因克隆仍以常规的 (National Biotechnology 试验方法为主。但随着大量条斑紫菜EST序列的 出现，有可能也有必要采用生物信息学技术对条斑 Finder(ht— 紫菜EST进行搜索、聚类、拼接、组装，以便获得潜 放阅读框的寻找使用NCBI的ORF 在的全长cDNA序列。 9。，多序 真核生物的蛋白质合成是一个复杂的过程，至 蛋白的基本理化特性分析使用ProtParamE 少涉及到12种蛋白质因子。这些因子协同地将 列比对使用ClustalW[1引。