生物信息学讲义.ppt

4、新药设计 近年来随着结构生物学的发展，相当数量的蛋白质以及一些核酸、多糖的三维结构获得精确测定，基于生物大分子结构知识的药物设计成为当前的热点。生物信息学的研究不仅可提供生物大分子空间结构的信息，还能提供电子结构的信息，如能级、表面电荷分布、分子轨道相互作用等以及动力学行为的信息，如生物化学反应中的能量变化、电荷转移、构象变化等。理论模拟还可研究包括生物分子及其周围环境的复杂体系和生物分子的量子效应。 但生物信息学的任务远不止于此。在以上工作的基础上，最重要的是如何运用数理理论成果对生物体进行完整系统的数理模型描述，使得人类能够从一个更加明确的角度和一个更加易于操作的途径来认识和控制自身以及所有其他的生命体 生物信息学不仅仅是一门科学学科， 它更是一种重要的研究开发工具。 从科学的角度来讲，它是一门研究生物和生物相关系统中信息内容物和信息流向的综合系统科学，只有通过生物信息学的计算处理，我们才能从众多分散的生物学观测数据中获得对生命运行机制的详细和系统的理解。 从工具的角度来讲，它是今后几乎进行所有生物（医药）研究开发所必需的舵手和动力机，只有基于生物信息学通过对大量已有数据资料的分析处理所提供的理论指导和分析，我们才能选择正确的研发方向，同样，只有选择正确的生物信息学分析方法和手段，我们才能正确处理和评价新的观测数据并得到准确的结论。 生物信息学研究意义 生物信息学将是21世纪生物学的核心 认识生物本质 了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系 改变生物学的研究方式 改变传统研究方式，引进现代信息学方法 在医学上的重要意义 为疾病的诊断和治疗提供依据 为设计新药提供依据 第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。 生物分子数据是宝藏， 生物信息数据库是金 矿，等待我们去挖掘 和利用。 分子生物 数据的特征 生物分子信息 数据量大 生物分子信息 复杂 生物分子信息之间存在着密切的联系 2、生物信息学及其发展历史 生物信息学的概念 生物分子信息 生物信息学的发展历史 生物信息学的当前任务 生物信息学所用的方法和技术 生物信息学的主要研究内容 生物信息学 基本思想的产生 生物信息学 的迅速发展 二十世纪 50年代 二十世纪 80-90年代 生物科学和 技术的 发展 人类基因组 计划的 推动 50年代 生物信息学开始孕育 60年代 计算生物学和计算机科学联系起来 70年代 生物信息学的真正开端 80年代 90年代 HGP促进生物信息学的迅速发展 1 2 3 4 5 出现生物信息服务机构和生物信息数据库 关于生物信息学发展历程中的重要大事，请参见下面两个网站的介绍： /Education/BLASTinfo/milestones.html /bioinformatics/ 2、生物信息学及其发展历史 生物信息学的概念 生物分子信息 生物信息学的发展历史 生物信息学的当前任务 生物信息学所用的方法和技术 生物信息学的主要研究内容 1 生物分子数据的收集与管理 2 数据库搜索及序列比较 3 基因组序列分析 4 基因表达数据的分析与处理 5 蛋白质结构预测 生物信息学主要研究内容 分析框架 EMBL GenBank DDBJ PDB SWISS-PORT PIR 1 2 3 基因组数据库 蛋白质序列数据库 蛋白质结构数据库 生物分子数据的收集与管理 搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列 序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 数据库搜索及序列比较 发现同源分子 基因组序列分析 基因识别 遗传语言分析—天书 基因组结构分析 基因功能注释 基因调控信息分析 基因组比较 基因表达数据的分析与处理 基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热点和重点 目前对基因表达数据的处理主要是进行聚类分析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基础上寻找相关基因，分析基因的功能 所用方法主要有： 相关分析方法 模式识别技术中的层次式聚类方法 人工智能中的自组织映射神经网络 主元分析