基于PubMed开发的大数据分析工具在科研中的应用.ppt

本地PubMed检索系统能够提供更加强大 的检索功能，包括联想检索、按IF值过滤以及 检索结果的图形化显示等，让检索更加高效， 在线的全文申请也更加方便。 本地PubMed特色 专利所有，侵权必究。 本地PubMed特色 本地PubMed检索系统能够提供强大的 数据分析功能，通过知识图谱可以了解各领 域的发展趋势和热点，及时了解世界各国主 流科学家的研究方向。 专利所有，侵权必究。 本地PubMed特色 本地PubMed检索系统提供的共词矩 阵分析可以对反映文献主题内容的关键词 的共现频次进行统计分析，揭示文献内在 联系、研究热点和科学结构。 专利所有，侵权必究。 本地PubMed特色 当人们的需求已经不只是简单的文 献检索和文献计量，而是希望能够对这 些文献进行较高层次的处理和分析以得 到关于某领域总体特征和对发展趋势的 预测时，知识发现将文献变为知识，从 海量文献中找到蕴藏的知识金块，将为 知识创新和学科发展作出贡献。 本地PubMed功能简介 检索举例： 糖尿病肾病方面的文献 糖尿病肾病（Diabetic nephropathy，DN）可谓是糖尿病患者的终极杀手。据中国之声《全国新闻联播》报道，中国目前糖尿病患者人数高达1.14亿,它是继肿瘤、血管病变之后第三大严重威胁人类健康的慢性非传染性疾病，具有高致死率、高致残率和高医疗花费的特征。 长期以来，在人们的印象中，2型糖尿病发病的两个关键因素一直是胰岛素抵抗和(或)胰岛素分泌不足，然而，严格控制血糖、血压水平以及阻断肾素-血管紧张素系统的传统治疗方法不能完全阻止DN的发生，说明还有其它因素。 那么还有那些因素呢？在本地PubMed中检索Diabetic Nephropathies[Mesh]，在检索结果界面，点击右侧“知识图谱” 在检索结果界面，点知识图谱 知识演进图谱分X轴和Y轴，其中，X轴是年份，Y轴是发文数量，从图中可以看到各个研究方向（主题词）在各个年份的研究文献的数量。系统默认推荐20个主题词，我们可以点“更多主题词”来了解更多： 在更多主题词中，根据研究领域的不同，分为多个大类，我们点击“Amino Acids, Peptides, and Proteins”《氨基酸，肽类和蛋白质》 从文献报道中可以看出，越来越多的研究表明炎症过程可能在DN的发 病机制中占据重要地位，其涉及的致炎因子有望成为DN及其他炎症性疾病 新的治疗靶标之一。 炎症以炎症细胞浸润，黏附分子、炎症趋化因子和致炎因子表达增强， C反应蛋白（C-reactive protein，CRP）水平升高为特征。我们通过知识 演进图谱，可以了解一下C反应蛋白的研究历史： 可以看到： Hemoglobin A, Glycosylated； （糖基化血红蛋白A） Glycosylation End Products, Advanced； （晚期糖基化终末产物） Cholesterol, HDL； （高密度脂蛋白胆固醇） Serum Albumin； （血清白蛋白） C-Reactive Protein（C反应蛋白） 等，目前研究者众多，而这些词基 本上都与炎症相关。 从图中可以看到，主题词： C反应蛋白最早一 篇文献，发表于1996年，是国际著名医疗机构丹 麦Steno糖尿病研究中心的Myrup, B等，发表于 《Thrombosis research》（血栓形成研究）， 该刊影响因子为3.13，2000年时，又有两篇文 章发表，其中一篇发表于《J Am Soc Nephrol》 《美国肾病学会志》，该刊影响因子为8.99， 从此关于此方向的研究多了起来。 如果我们想进一步去了解，有关C反应蛋白 的高影响因子的论文或者高被引次数的论文， 那么，在本地PubMed的检索结果界面，我们还 可以看到，高IF论文和高TC论文的按钮。 1996年最早一篇关于 C反应蛋白的文献 C-Reactive Protein 可以看到文献： Elevated fibrinogen and the relation to acute phase response in diabetic nephropathy. Thromb Res. 1996 Feb 15;81(4):485-90 影响因子：3.13 引用次数：62 具体的被引用情况，当然，在此界面也可以进行学术检索。 从图中可以看出，2004年的一篇发 表于《Kidney International》（国际 肾病学），该刊影响因子为7.92： Potential c