什么是植物基因组.PPT

基因组测序 基因组的de novo 测序，从最初的sanger测序发展到二代三代测序，主要是通量的改变。 ? 1、1977年在PNAS上发表的双末端中止法测定DNA序列（DNA sequencing with chain-terminating inhibitors），就是第一代测序。代表应用-------耗资30亿美元的“人类基因组计划”。 ? 2、2005年第二代测序平台出现，以IIIlumia HiSeq平台为代表的二代测序技术，以通量高、周期短、价格低的特点，使人类基因组、动植物、微生物等不同领域都相应开发出了基于二代平台的测序应用。代表应用-------G.hirsutum L. （四倍体陆地棉）T. urartu（二倍体野生单粒小麦）等。 ? 3、二代测序具有短Reads数据特征，并且对于高重复等基因组难以获得较好的组装效果。以PacBio平台为基础的单分子实时测序技术为代表的三代测序应运而生（还有纳米孔测序法），通常配合或辅助二代测序技术。代表应用------Oropetium thomaeum（复活草）基因组研究。 基因组 一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。————百度百科 In modern molecular biology and genetics, a genome is the genetic material of an organism. It consists of DNA (or RNA in RNA viruses). The genome includes both the genes (the coding regions) and the noncoding DNA, as well as the genetic material of the mitochondria and chloroplasts. ————维基百科 一个单倍体细胞中全部包含遗传信息的载体的集合。 ————我们的理解 信息流定义：一个物种正常基因组序列与特定的群体多态性共同组成的信息集。 操作流定义：一个物种全部染色体与染色体随细胞周期变化时形成的动态分子复合体，是一个巨大的细胞机器。 02 基因组的特征 叶绿体 线粒体 核 植物基因组特征: 1、植物基因组往往比较大染色体数目变化范围大。 世界上现在公认的基因组最大的生物是Paris japonica，中文名衣笠草，约150Gb，大约是人类（3.2Gb）的50倍，是具有40条染色体的八倍体。已知的染色体数目最多的一个科叫Ophioglossum，中文名瓶爾小草科，属于蕨类，该科物种最多可有1260条染色体。 衣笠草 瓶爾小草 /piece/browse.php /piece/browse.php 3、植物基因组重复序列含量往往更高。 4、植物体独有的功能比如光合作用就有其相对应植物独有的基因。 植物特有的编码、非编码基因、调控序列及其产物形成了植物特有的光合作用系统。 常见植物染色体数目以及其倍型 水稻 玉米 香蕉 水仙 马铃薯 曼陀罗 小麦 倍型 2n 2n 3n 3n 4n 4n 6n 染色体数目 24 20 33 30 48 48 42 2、植物基因组多倍体比较常见，而动物中极其罕见。 植物叶绿体基因组: 结构上叶绿体基因组DNA一般为双链环状分子，极少数为线状， CpDNA基因数为120个左右。典型的叶绿体基因组结构包括四个部分, 两个IR区把整个基因组分割为LSC区和SSC区。并不是所有的叶绿体都含有IR。 叶绿体基因组中含有大量的功能基因，可分成三类，即光合作用有关基因，和基因表达本身有关的基因和其他生物合成有关的基因。 定义： 叶绿体DNA（cp DNA）存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子。 81-87kb 18-20 kb 20-30 kb 120-180kb 表达基因包括核糖体RNA基因、转运RNA基因、核糖体蛋白基因、RNA 聚合酶以及翻译起始因子等。光合系统基因包括光合系统I 和光合系统II、细胞色素蛋白酶、ATP 合成酶、ATP 依赖的蛋白相关基因、羧化大亚基和NADH脱氢酶。光合代谢基因包括matK 、accD、 ccsA等。 植物线粒体基因组: 1.结构复杂 无论是基因组大小还是基因结构，差异性都很大。 1）植物线粒体基因组大小差异可能是由于线粒体基因组含有大量的非编码序列。 2）基因结构差异大的原因包括：重复序列的重组、基因修饰、序列插入或丢失。 上表表示不同植物的线粒体基因组大小   2.基因密度低 上表表示完成测序的部分高等植物线粒体基因组特征 相对于整个线粒体基因组的大小来说，它