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Value：归一化的相对表达量 Rank：探针表达值在所有表达值中的排名的百分比。Rank越高，表达越高。 Datasets示例 芯片介绍 芯片注释文件 样本描述 Limma法分析的TOP250结果 https://paolo.shinyapps.io/ShinyVolcanoPlot/ 韦恩图 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 通路分析 / 生存分析验证 Survexpress http://bioinformatica.mty.itesm.mx:8080/Biomatec/SurvivaX.jsp KM Plotter /analysis/ 输入基因名 选择分析表型 * * * * * * * * * * 李曦 副教授 中南大学湘雅医院临床药理研究所 公用数据库基因组表达谱数据挖掘策略及分析方法 Nature Reviews Genetics?16,?85–97?(2015) 什么是数据挖掘 从海量数据中揭示潜在的生物学规律。 为什么要学习数据挖掘 把握自己的命运 最大化利用已有数据 寻找新的课题 数据挖掘的步骤 生物医学研究人员的优势 数据处理步骤、统计分析均有工具可以完成 数据挖掘表型的确定 数据的选择 数据挖掘结果的解读 生物医学数据挖掘所需技能 必备技能： 基本的生物信息学知识 各种数据库的使用、数据库信息的解读 基本的生物统计学知识 分析方法的选择，分析软件的使用 可选技能： R语言的基本操作 R包的使用 Linux系统的基本操作 生物信息学分析软件的使用 基因组表达谱数据挖掘流程 确定研究策略 获取表达谱数据 处理表达谱数据 统计分析 验证分析 数据挖掘案例 分析策略 核心思路： 影响脑胶质瘤发生发展的基因可能影响脑胶质瘤的预后 分析流程： 获取包含脑胶质瘤组织和正常脑组织的全基因组表达数据的多个数据集 鉴定在脑胶质瘤组织和正常脑组织中差异表达的基因 在自己收集的样本中验证这些基因 分析这些基因与肿瘤分级以及总生存期之间的关系 策略举例 影响阿糖胞苷药物敏感性的基因可能影响AML预后。 影响铂类药物敏感性的基因可能影响多种肿瘤的预后。 在高低肿瘤分级中存在差异的基因可能影响癌症预后。 …… 研究策略如何确定 研究策略可以千变万化 研究策略决定了论文的上限 应根据自身专业选择有意义的研究策略 包含基因组表达谱数据的数据库 Gene Expression Omnibus (GEO) /geo ArrayExpress https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ The Cancer Genome Atlas (TCGA) / International Cancer Genome Consortium / GEO数据库关键名词 Profile：数据库整理好的单个基因的概述 Datasets：见GDS和GSE。 GSM：单个样本的实验数据 GDS：数据库整理好的关于某个话题的GSM集合。一个GDS中的所有GSM为同一平台。 GSE：一个实验项目中的多个GSM合集，可能使用多个平台。 GPL：芯片平台，如Affymetrix， Agilent等。 Profile示例 实验描述 实验结果展示 * * * * * * * * * *
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