药物转录组学.PPT

(6) 洗脱除去寡核苷酸接头,经过Bbv1 酶切后的cDNA 模板,进入下一轮分析。重复(3) ～ (5) 的步骤4～5 次后,分析所得到的16～20 张荧光显微照片,就可以读出微球体阵列中每一个微球体上长度为16～20bp 的cDNA 模板序列。 * 三者比较 芯片无法同时大量地分析组织或细胞内基因组表达的状况，而且由于芯片技术需要准备基因探针，所以可能漏掉那些未知的、表达丰度不高的、可能是很重要的调节基因。SAGE是近年来发展的以测序为基础的分析特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术。其显著特点是快速高效地、接近完整地获得基因组的表达信息。SAGE可以定量分析已知基因及未知基因表达情况，在疾病组织、癌细胞等差异表达谱的研究中，SAGE可以帮助获得完整转录组学图谱、发现新的基因及其功能、作用机制和通路等信息。 * MPSS是对SAGE的改进，它能在短时间内检测细胞或组织内全部基因的表达情况，是功能基因组研究的有效工具。因其需要配套的软硬件较为昂贵，目前国内外的相关应用报道不多。MPSS技术对于致病基因的识别、揭示基因在疾病中的作用、分析药物的药效等都非常有价值，该技术的发展将在基因组功能方面及其相关领域研究中发挥巨大的作用。 * 4.RNA测序技术 RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。 优点：（1）避免亚克隆引入的偏差； （2）测定序列更长更精确； （3）可得到转录可变剪接序列； （4）准确检测低表达基因，定量转录水平。 * * （三）转录组学的意义 以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。通过测序技术揭示造成差异的情况，已是目前最常用的手段。 * 第二节转录组学在药学中的应用 * 一、药靶候选基因的鉴定 药物靶标是指体内具有药效功能并能被药物作用的生物大分子，如某些蛋白质和核酸等生物大分子。那些编码靶标蛋白的基因也被称为靶标基因。事先确定靶向特定疾病有关的靶标分子是现代新药开发的基础。 * 你们好 第八章 药物转录组学 * 第一节转录组学概述 * （一）转录组（transcriptome）指生命单元（通常是一种细胞）所能转录出来的可直接参与蛋白质翻译的mRNA（编码RNA）总和，而其他所有非编码RNA均可归为RNA组（RNome）。 * 1.转录组来自于基因组,量小得多但重要（人类基因组包含有30亿个碱基对，其中大约只有3万个基因转录成mRNA分子，转录后的mRNA能被翻译生成蛋白质的也只占整个转录组的40%左右）。 2.转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。 （二）转录组与基因组的关系 * （三）转录组学（transcriptomics）是在整体水平上研究细胞编码基因转录情况及转录调控规律的科学。 转录组学研究方法： 1.基因芯片技术 2. 基因表达系列分析（Serial Analysis of Gene Expression，SAGE） 3.大规模平行信号测序系统 4. RNA测序技术 * 1.基因芯片技术 基因芯片（gene chip）又称 DNA 芯片，指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于 400 ）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。 * 按用途分 表达谱芯片 诊断芯片 指纹图谱芯片 测序芯片 毒理芯片 芯片实验室是生物芯片技术发展的最终目标 * 基因芯片的特点： 操作简单 自动化程度高 序列数量大 检测效率高 应用范围广 成本较低 * DNA芯片技术步骤 ?芯片制备 实性材料：硅芯片、玻片和瓷片 需进行预处理，使其表面衍生出羟基、氨基活性基团。 膜性材料：聚丙烯膜、尼龙膜、硝酸纤维膜 通常包被氨基硅烷或多聚赖氨酸 * ?样品制备 样品分离纯化 DNA , mRNA 扩增 PCR, RT—PCR，固相PCR 标记 荧光标记（常用Cy3、Cy5），生物素、放射性标记 * ?分子杂交 样品与DNA芯片上的探针阵列进行杂交。 与经典分子杂交的区别： 杂交时间短，30分钟内完成 可同时平行检测许多基因序列 影响杂交反应的因素： 盐浓度、温度、反应时间、DNA二级结构 * ④检测分析 激光激发使含荧光标记的DNA片段发射荧光 激光扫描仪或激光共聚焦显微镜采集各杂交点的信号 软件进行进行图象分析和数据处理 * 2.基因表达系列分析 基因表达系列