配体受体结合.ppt

配体受体结合 配体L和受体R： 结合过程对应的处理确定所述双分子缔合速率常数，导通率，Kon。在解除绑定过程决定了双分子解离速率常数，解离速率，Koff。 系统的受体配体结合。 （a）在锁和钥匙模型中，配体（绿色）恰好装配到受体结合位点（紫色）。 （b）该配体与受体弱相关联和诱导产生的结合构象变化。（c）配体优先结合于该受体的某些一致构象。 在配体 - 受体结合的第一种模型，埃米尔·菲舍尔提出，受体和配体组合在一起就像锁和钥匙.在这个比喻中，可以方便的观看锁和钥匙之间的区别。然而，在锁和钥匙的画面，受体和配体是刚性的实体。在现实中，结合是伴随某种程度的构象变化的。这可以在“拉链”或者“手到手套”的类比来形容受体 - 配体相互作用。构象变化可以被认为是一种由于结合不同优势构象的诱导契合。构象选择合奏分子中的结合和未结合状态或两者的组合。一些结合模型都是在药物设计特别感兴趣的。 溶剂周围的配体和受体对它们的结合有非常重要的影响。与像甲醇或脂质膜的疏水性内部非极性环境相比在像水的极性溶剂中结合亲和力非常不同。这是因为结合总是涉及配体 - 受体相互作用和配体 - 溶剂和受体 - 溶剂相互作用之间的竞争。周围的离子强度和pH会影响配体和受体之间的静电相互作用的强度。Viscogens和拥挤代理也可以影响配体 - 受体结合。它们可通过它们的粘度影响结合亲和力或通过动力学改变介电性能。 配体 - 受体结合包括通过配体置换的配体 - 水分子和受体—水分子的相互作用受体和水与水的相互作用。范德华相互作用贡献毫不逊色于配体 - 受体亲和力。 在晶体结构中学习配体 - 受体表面的包装方式和水合模式。一些界面是很好填充水分子（例如，见，图c）。有序界面水分子位点往往在既定位置上，水分子可以调节受体和配体之间的氢键（图b）。特别有序水分子位点有时被认为是溶质的固有部分。界面水分子位点可以改变一个结合位点的特异性，因为它们有能力接受和捐赠达四个氢键。如示于（图a）的例子中，界面的水分子可允许相当疏水受体位点与配体相互作用并适应其氢键的能力。 静电相互作用在配体 - 受体结合发挥一个显著的作用。它们是长程、随距离变化的为 ，因此特别重要对于分子识别。在整个分子中的电荷分布，每个分子可被认为具有不仅一个净电荷。在配体 - 受体模型研究中，局部电荷通常分配到原子中心。相同电荷排斥和不同电荷相吸。因此，许多积极和消极的方面构成一个库仑静电能量配体 - 受体复合物，下式给出： 其中，?0是自由空间的介电常数，?为周围介质的相对介电常数，并且QL和QR是局部原子点电荷的配体和受体。 库仑定律适用于均匀电介质。如果该系统的所有的原子都明确建模，包括溶剂中所有水分子和离子，并且系统进行分子动力学模拟，通常使用?=1。然而，通常的水分子和离子被隐含处理和水性溶剂模拟成为一个连续统一体?≈80。离子被假定为一个玻尔兹曼分布。在这种情况下，该溶剂介质的介电常数不同于分子溶质。。 * * 配体受体结合函数 配体 - 受体结合模型 溶剂对配体受体结合的影响 物理性质决定的配体 - 受体结合 目 录 通则 回目录 配体——受体在活体内的交互取决于大量的多样的因素。 一旦配体和受体足够接近,配体可以分散和到达到对应受体的结合位点。这需要配体和受体之间的识别。这可能是由配体和受体之间的长程静电相互作用,然后由短程氢键和范德华相互作用。这些相互作用广泛变化。水分子将被绑定取代，虽然有些可能留存在表面和居中绑定影响。 配体受体结合函数 回目录 实施方法 回目录 配体 - 受体结合模型 回目录 溶剂对配体受体结合的影响 回目录 物理性质作用的配体 - 受体结合 受体 - 配体络合中的水。 （a）主要尿蛋白-I（MUP-I）与结合的配体（PDB代码1I06）。两水域（紫色球）的配体结合囊（表面表示）的疏水性环境使得极性基团的相互作用呈现在亲脂性信息素上（棒表示）。 （b）该周质的复杂寡肽结合蛋白与OPPA肽（LysGluLys）（PDB代码1JEU）。蛋白质的唯一活性中心残基如图（棒表示）。水分子（紫色球）调解它的肽配体之间的相互作用（周质寡肽结合蛋白）。 （c）蛋白激酶C的相互作用蛋白（PKCI）二聚物（PDB代码1KPA）具有干燥表面与大多数晶体观察水分子（紫色球）形成的界面周围的环。 *