课8_CO吸附在Pd(110)面(1)_中科大_materialsstudio.pptVIP

从菜单栏中选择File | Save As...，把它导引到Pd(110)文件夹中，按下Save按钮。对(1x1) CO on Pd(110)文件夹也重复此操作，但是这一次把文档的名字改为(1x1) CO on Pd(110)。再选择File | Save Project，然后再选择Window | Close All。 5．弛豫Pd(110)面 现在我们最优化Pd (110)表面。在Project Explorer的Pd (110)文件夹中打开Pd(110).xsd。从工具栏中选中CASTEP 工具，然后选择Calculation。按下More...按钮，确定Optimize Cell没有被选中。关闭对话框。 为了维持我们想要完成的计算的连贯性，我们应该更改Electronic标签中的一些设置。 选择Electronic tab标签，然后按下More...按钮。从CASTEP Electronic Options对话框中选择Basis标签，勾选上Use custom energy cut-off并且把域植从260.0改为300.0。选择k-points标签，勾选上Custom grid参数。在Mesh parameters域中，把a改到3，b改到4，c改到1。关闭对话框。 我们还应该计算此体系的态密度。 选择CASTEP Calculation对话框中的Properties标签，选中Density of states。勾选上Calculate PDOS，把k-point set改为Medium。 按下Run按钮，关闭对话框。 计算的运行会耗费一定的时间，我们可以最后做分析。我们现在可以构建下一组表面。 从菜单栏中选择File | Save Project，然后选择Window | Close All。 6．添加CO到1x1Pd(110)，优化此结构 我们要使用在(1x1) Co on Pd(110)文件中的结构来进行下面的工作。 在Project Explorer中，打开(1x1) Co on Pd(110)文件中的(1x1) CO on Pd(110).xsd。 现在在short bridge position上添加CO分子。我们要利用的依据是：CO 在 Pd(110)上的键长已经通过实验所获得。 CO在Pd(110)的yz平面上 的几何结构 右图中阴影线原子在格子中不显示：Original display mode。 第一步是添加碳原子。Pd-C键的键长（用dPd-C表示）应为1.93 ?。当我们使用Add Atom 工具时，我们即可以使用笛卡儿坐标也可以使用分数坐标，但在本例当中，我们应该使用分数坐标xC, yC, 和zC。xC, yC非常简单，xC =0，yC =0.5。尽管如此，zC比较困难。我们可以通过zPd-C 和zPd-Pd二者之间的距离来构造它。 zPd-Pd可以由晶格参数a0除以√2得到（它应为2.77 ?）。 zPd-C可从公式 得到（它应为1.35 ?）。 把zPd-C 和 zPd-Pd相加可获得zC（它应为4.12 ?）。现在我们把距离改为分数长度，可以通过晶格参数（Lattice parameters）工具得到。 在3D模型文档中单击右键，选择Lattice parameters。注意c的值。 为了计算z的分数坐标，我们仅需要用晶格参数c除以zC（结果为0.382 ?）。 从菜单栏中选择Build | Add Atoms，然后选中Options标签。确保Coordinate system为Fractional。选择Atoms标签，把a改为0.0，b为0.5，c为0.382。按下Add按钮。 如果我们想确认我们已经正确的设置了模型，可以使用Measure/Change工具。 单击工具栏中Measure/Change工具 的选项箭头，然后选择Distance。在Pd-C键上单击。 下一步是添加氧原子。 在Add Atoms对话框中，把Element改为O。 在实验中，C-O键的长度为1.15 ?。在分数坐标中它为0.107，把这个值添加到碳的z分数坐标上（0.382），氧的z坐标值为0.489。 把c的域值改为0.489，按下Add按钮。关闭对话框。 Pd最原始的对称性是P1，但随着CO的添加它以改变。我们可以通过Find Symmetry工具来找到其对称性和强加对称性（Impose Symmetry）。 在工具栏中选择Find Sym