AUTOK 40 使用说明教程.docVIP

AUTODOCK 4.0 使用中文版 國立東華大學 生物技術研究所 宣大衛教授實驗室製作 版面作者:林世浤 如有問題請回信指教 e-mail: joli.tw AutoDock 是一套做docking的軟體，主要是做小分子與大分子(receptor)鍵結的預測，使用autodock4 .0圖形介面，需安裝四項程式： PS.找機會 會把安裝程序放上去 *AUTODOCK4.0 的介面，所有設定都會在此介面執行。 (一)、 1. File - Read Molecule (選擇分子) 2. Select - Select From String(要標定水分子) - Add 3. Edit - Delete - Delete AtomSet - Continue(將水分子消除) 4. Edit - Hydrogen - Add - OK 5.File - Save - Wrtie PDB 6. Display - Show/Hide Molecule (先隱藏起來，接下來要設定ligand) (二)、/* Ligand */ 1.Ligand - input - open - (檔名.pdb) 2.Ligand - Output - Save as pdbqt (三) autodock4.0 新增的東西 (Flexible Residues) A：文獻上沒有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳過 File - Save - Write PDBQT B：文獻上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接尋找 1.Flexible Residues - Input - Choose Macromolecule 2.Edit - Hydrogens - Merge Non-Polar - CONTINUE 3.Select - Select From String /* Residue打上ARG8 - Add */ 4.Flexible Residues - Choose Torsions in Currently Select Resdues… 5.Flexible Residues - Oput - Save Rigid pdbqt (四) /* Grid */ 1.Grid - macromolecule - (檔名.pdbqt) (protein) 2.Grid - Set Map Type - (檔名.pdbqt) (ligand) 3. Grid - Grid Box (把所有參數調整好) - 4. File(Grid Options) - Close saving current 5. Grid - Output - Save GPF (檔名.gpf) 6. /* Edit GPF (是在看檔案.gpf，的文件) */ (五) /* Run */ 1.Run - Run AutoGrid 2.Laumch (autodcok3要改成autodcok4才能執行) PS.執行結束後，有幾個檔案出來，之後要執行分子間的力場。 (六) /* Docking */ 1.Docking - Mocromolecule - (檔名.pdbqt) (protein) 2.Docking - Ligand - (檔名.pdbqt) (ligand) 3. Docking - Output - (看你要選擇哪一個演算法，存取它) 4. /* Edit DPF (是在看檔案.dpf，的文件) */ (七) /* Run */ 1.Run - Run AutoDock 2.Laumch (autodcok3要改成autodcok4才能執行) (八) /* Analyze */ A： 1.Analyze - Docking - (檔名.dlg) 2.Analyze - Conformations - Play (可讓ligand變更位置，ps.已對結好的位置) 3.Macromolecule - (檔名.pdbqt) (protein) (八) /* Analyze */ B： 1. Analyze - Grids - Open Other [選擇步驟(五)中的九個由autogrid 產生的文 件，每一個文件都代表不同的力場] 2.Analyze - Conformations - Play (ligand可配合任一力場，做autodock所產生 出的九個docking位置，並判斷它們的關係) (八) /* Analyze */ C： 1. Analyze - Conformations - Extract Histogram… (計算分子對接，ligand與 protein bind