第十一章微生物分类与鉴定.ppt

第一节 通用分类单元 第二节 微生物在生物界的地位 第三节 微生物的分类鉴定 第一节 通用分类单元 一般概念的了解 7级分类单元 命名 分类（classification）： 指的是根据微生物的相似性或亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。鉴定（identification）： 确定一个新的分离物属于已经命名的分类单元的过程。命名：根据国际命名法规给微生物分类单元以科学名称。 第二节 微生物在生物界的地位 生物的界级分类学说（简述） 三域学说及其发展 Carl Woese的rRNA进化树完美无缺？ 随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息对这个进化树进行改进。 细菌、古生菌与真核生物重要特性比较 第三节 微生物的分类、鉴定 伯杰氏手册 细菌分类、鉴定方法及其原理 本章思考题 1. 100多年前达尔文创立的进化论就给我们带来了按亲 缘关系进行分类的指导思想，但为什么这一目标至今未能真正实现?你从Woese发现古生菌的事件中， 得到什么启示? 2. 为什么能用生物大分子作为衡量生物进化的标尺？有哪些选用原则？建立16 S r RNA系统发育树的意义何在？ 3. 有哪些技术可被用于对细菌进行分类、鉴定？ 形态和生理生化特征 一、经典方法举例 肠道菌科细菌属和种 的分类鉴定 在以实用为主要目的表型分类中，仅依靠形态学特征是远远不够的，因此生理生化特征往往是细菌分类鉴定的主要特征。 选用16S rRNA作为生物进化和系统分类的优点 普遍存在于一切细胞内，包括原核和真核生物 生理功能既重要又恒定 在细胞中的含量较高、易提取 编码rRNA的基因十分稳定 rRNA的某些核苷酸序列非常保守 相对分子质量适中 二、现代方法举例 类芽孢杆菌属基于16S rRNA的系统发育树　 G+C mol% G+C mol% = G+C A+T+G+C ×100% 测定方法: 解链温度(melting temprature,Tm,热变性温度法)法 在DNA双链的碱基对组成中,AT间形成两个氢键,结合较弱,而GC间可形成3个氢键,结合较牢.天然的DNA双链在一定的离子强度和pH下逐步加热变性时,随着碱基对间氢键的不断打开,天然的互补双螺旋就逐步变为单链状态,从而导致核苷酸中碱基的陆续暴露,在260nm处紫外吸收植明显增加,这就是增色效应.一旦双链完全变成单链,紫外吸收就停止增加.这种由增色效应反映出来的打开氢键的DNA热变性过程,是在一个狭窄的温度范围内完成的.在此过程中,紫外吸收增高的中点值所对应的温度即为Tm值. G+C mol% DNA-DNA Hybridization 国际系统细菌学委员会在1987年规定，当DNA同源性大于等于70%，同时杂交分子的解链温度差即ΔTm值小于等于5℃为细菌种的界限（Wayne et al. 1987）。当然如果鉴定一个新种，除了待定菌与参比菌株之间具有较低的DNA-DNA同源性外，还必须参考16S rDNA序列相似性数值等其它数据。 细胞化学成分 　　又称统计分类法是在大量生物个体进行大量性状观察的基础上对研究数据进行收集和计算机处理，计算出所有供试个体之间的相似性，进而在这些相似性的基础上将全部供试个体排列成群．简单地说就是用统计学方法根据大量表型性状将有机体分群． 什么是数值分类？ 细菌的代谢产物 （一）分解代谢产物和细菌的生化反应 糖发酵试验 VP试验 甲基红试验 枸橼酸盐利用试验 吲哚试验 硫化氢试验 尿素酶试验 自动化仪器分析 糖发酵试验 * * 第十一章 微生物的分类和鉴定 分类、命名、鉴定； 培养物、菌株；种、亚种; 微生物命名法； 模式菌株、模式种、模式属－典型培养物保藏中心； 1、一般概念的了解（微生物名称的正确写法） 种(species):是一个基本分类单元,它是一大群表型特征高度相似,亲缘关系极其接近,与同属内的其它物种有着明显差异的一大群菌株的总称. 新种(species nova, sp. nov 或 nov sp.):是指权威性的分类鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物. 菌株(又称品系,在非细胞型的病毒中称毒株或株):它表示任何由一个独立分离的单细胞(或单个病毒粒)繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代. 菌株的名称可随意确定,与 的概念相同 克隆、无性繁殖系 例如： Berge, O., Gui