PDB蛋白数据库的应用.ppt

蛋白质数据库应用 蛋白质数据库的应用 蛋白的结构： ----在结构基因组学研究、药物设计（小分子对接）、蛋白质设计 蛋白质的序列： ----获取遗传信息，基因工程 biochemistry 2013.10.11 蛋白质数据库的种类 PIR和PSD：国际上最大的公共蛋白质序列数据库 SWISS-PROT ：经过注释的蛋白质序列数据库 PROSITE：收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族 SCOP：蛋白质结构分类数据库，描述了已知的蛋白质结构之间的关系 COG：蛋白质直系同源簇数据库，根据系统进化关系分类构建而成 NCBI-Protein：关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统 PDB：蛋白质数据仓库，国际上唯一的生物大分子结构数据档案库 biochemistry 2013.10.11 v NCBI简介 1988年立法：建立国立生物技术信息中心（NCBI） NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解 GenBank数据库：是NIH遗传序列数据库，拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。 biochemistry 2013.10.11 PDB简介 美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建。 PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)三维结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。 PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。 biochemistry 2013.10.11 PDB-Contents biochemistry 2013.10.11 Experimental Method Proteins Nucleic Acids Protein/Nucleic Acid complexes Other Total X-ray diffraction 77139 1481 4059 3 82682 NMR 8829 1044 139 7 10073 Electron microscopy 466 45 128 0 639 Hybrid 51 3 2 1 57 Other 150 4 6 13 173 Total 86635 2577 4388 24 93624 案例示范 确定搜索的对象 ----“GFP：Green Fluorescent Protein” 选择数据库 ----NCBI：/ ----PDB：/pdb/home/home.do GFP序列 GFP结构 biochemistry 2013.10.11 NCBI Home Search Region 选择Protein，输入：GFP biochemistry 2013.10.11 查询结果 结果条目太多，不利于寻找目标蛋白 缩小搜索范围 biochemistry 2013.10.11 查询结果 GFP蛋白氨基酸序列 GFP的遗传信息，编码序列，点击GenBank获取 biochemistry 2013.10.11 GFP-complete sequence 查询结果 biochemistry 2013.10.11 PDB Home v Search Region 输入：GFP 最新研究结果 biochemistry 2013.10.11 查询结果 缩小搜索范围 结果条目太多，不利于寻找目标蛋白 biochemistry 2013.10.11 查询结果 获取GFP简要介绍 获取GFP详细信息：空间结构等 biochemistry 2013.10.11 查询结果 此界面为总的信息，还可分别查看蛋白的序列，结构，引用文献，实验方法，几何数据等等 biochemistry 2013.10.11 GFP的序列 查看序列以及序列对应形成的二级结构 biochemistry 2013.10.11 GFP的空间结构 查看蛋白质的详细空间结构 拖动鼠标可放大、缩小图片以及从各个角度观察蛋白结构 biochemistry 2013.10.11 常用蛋白质数据库网址： PIR, PSD: /。 SWISS-PROT: http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ PROSITE: http://www.expasy.ch/prosite/ RCSB-PDB: