【生物信息学第二版】序列比对讲课资料.pptVIP

生物信息学;第二章 序列比对;（一） 同源;同源可分为垂直同源（ortholog）和水平同源（paralog）;（二）相似性与距离;二、相似与距离的定量描述;对于一个比对，不论使用什么计分函数进行计分，相似性被定义为总等值于最大的计分：;对相似性的计分;编辑距离（edit distance）：一般用海明距离表示。 ;三、算法实现的比对;动态规划法示意;四、序列比对的作用;第二节 比对算法概要;（一）通过点矩阵对序列比较进行计分;B.两条序列有一个共同的子序列;C.两条序列反向匹配;D.两条序列存在不连续的两条子序列;（二）DNA序列比对的替换计分矩阵 ;核苷酸转换矩阵;（三）蛋白质序列比对的替换计分矩阵 ;PAM矩阵是从蛋白质序列的全局比对结果推导出来的，而BLOSUM 矩阵则是从蛋白质序列块（短序列）比对推导出来的。;二、双序列全局比对;⑸ w（c,d）是字符c和d按照替换计分矩阵计算的得分。 可按照规则建立得分矩阵： S（i,0） = 0, 0 ≤ i ≤ m S（0,j） = 0, 0 ≤ j ≤ n ;例如，对于序列a=ACACACTA，序列b=AGCACACA，计分规则w（匹配）=+2；w（a,-）=w（-,b）=w（失配）=-1;得分矩阵;三、双序列局部比对;四、多序列全局比对 ;（一）动态规划法进行多序列比对 ;（二）渐进多序列比对 ;对于接近或超过100