ABEEMσπ_MM模型中能量求解的并行化.pdfVIP

! ’、 、 ， ‘． ．、 、 { l，王。’ 、。：：‘． 一。 中计算静电相互 迭代求解的并行 有能量项的串行 程序中，实现了ABEEMmr力场模型中所有求解能量项的并行化。 随着计算机、计算方法和工程应用的高速发展，求解问题的复杂度和规模也不断增 加，几乎所有的科学都走向定量化和精确化。同时原有的串行算法也不能满足当前的计 算要求，使得串行计算机难以胜任。以Cluster为代表的MPI(消息传递接口)并行计 算机系统逐渐成为求解大型数值问题的主要平台。从而产生了诸如计算物理、计算力学、 计算化学和计算材料学等一批新兴的计算科学分支。计算科学已经和传统的科学方法即 理论和试验相并列，成为了第三种科学方法，并广泛应用于气象预测、石油勘探、交通 运输、航空航天等重要的工程领域。 ABEEM01r模型中计算体系的静电相互作用能，即求体系中所有原子、盯键、孤对 电子、石键位点之间的静电相互作用能之和。原程序求静电相互作用能采用串行的多个 相互嵌套的循环依次计算来实现，这种方法求解大分子体系的静电相互作用能时需要很 长时间，使研究问题的效率有所降低。本文采用带状循环划分、迭代分配求解的并行化 处理方案，将串行的静电相互作用能程序转换为可在MPI并行环境下多机系统上运行的 并行程序。新程序很大程度上节省了机时，并得到与串行一致的结果。随后，本文又将 此方法应用于ABEEMtrx力场模型中求解其他能量项的程序中。并且采用十个不同的体 系对其进行动力学模拟测试。经测试表明，利用新编制的并行程序进行动力学模拟，并 行加速比以线性趋势提高、求解能量速度大幅度加快、尤其是针对原子数较多的分子体 系效果比较理想。 关键词：原子一键电负性均衡方法；静电相互作用能；并行算法；DO循环 ABEEMmrSVIM模型中能量求解的并行化 Parallelizethe of inABEEMa7r／MMMethod ProgramEnergy Abstract Thisthesisis dividedintotwo each ofserial mainly parts：first，byanalysisingpart nestedwithinofABEEMoxfield processmultipleloop force modeltocalculatethe electrostaticinteraction the of ribbondivision． term．provideparallel processingprogramloop iterative abovemethodiS toABEEMonforcefieldmodeltO solution；second，the applied solvealltheother termsthe of serial ABEEMo仉forcefield energy program．implemented mode