基于转录组测序技术筛选花卵巢发育相关基因.PDFVIP

第43 卷 第 8 期 水 产 学 报 Vol. 43, No. 8 2019 年 8 月 JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA Aug., 2019 文章编号: 1000-0615(2019)08-1714-09 DOI: 10.11964/jfc.20180811419 基于转录组测序技术筛选花䱻卵巢发育相关基因 刘慧芬， 卢良盛， 王 静， 周传江， 顾钱洪， 马 晓， 冯军厂， 聂国兴， 李学军* (河南师范大学水产学院，河南省水产动物养殖工程技术研究中心，河南 新乡 453007) 摘要：为筛选影响花䱻卵巢发育相关的基因，采用Illumina Hiseq技术对花䱻脑、卵巢和 肝脏组织进行高通量转录组测序。结果显示，3个组织分别产生了49 484 132 、47 540 538 和50 622 304个clean reads ，组装后共获得了99 878个unigenes ，平均长度为1 430 bp。DE seq分析发现，在脑vs.卵巢组中特异性表达的基因数为2 305个，脑vs.肝脏组中特异性表 达的基因数为839个，卵巢vs.肝脏组中特异性表达的基因数为1 474个，3个比较组共有的 差异表达基因数为860个。GO分析发现，上述差异表达基因主要集中在初级代谢过程 (primary metabolic process)、单细胞过程(single-organism process)、有机物代谢过程(organic substance metabolic process)等生物学过程中。KEGG pathway分析显示，一些与卵巢发育 和减数分裂相关的信号通路得到了显著富集，如GnRH信号通路、类固醇激素合成、 TGF-β信号通路、卵母细胞减数分裂等代谢通路。本研究结果丰富了花䱻的基因资源， 可为花䱻的繁殖生物学研究提供基础数据。 关键词: 花䱻；卵巢发育；转录组 中图分类号: Q 785 ；S 917.4 文献标志码: A 鱼类的繁殖是生物学领域研究热点。大部 来，转录组学技术的应用为动物性腺分化与发 分硬骨鱼类都是卵生动物，在雌性生殖系统中 育研究提供了宝贵的方法，如在鸡(Gallus gallus)[8] 、 产生卵黄，同时伴随着卵母细胞的生长和分化。鱼 鸿雁(Anser cygnoides)[9] 、金枪鱼(Thunnus thynnus)[10] 、 类的卵子发育过程可分为卵原细胞增殖期、初 尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)[ 11] 、大菱鲆 级卵母细胞生长期、卵黄生成期及卵母细胞成 (Scophthalmus maximus)[ 12] 、皱纹盘鲍(Haliotis [1] [13] 熟期 。在卵子发生的不同阶段，一些特定的基 discus hannai) 中采用转录组学研究，筛选出大 因和激素对卵母细胞的发育起到关键的调控作用。 量生殖相关候选基因。 卵巢作为卵子形成的部位