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课程论文 题目：狂犬病毒ABLV编码核蛋白（N）的生物信息学分析 课程名称： 生物信息学 姓 名： 秦鸽鸽 学 号： Y132140504 学 院： 生命科学与工程学院 专 业： 基础兽医学 狂犬病毒ABLV编码核蛋白（N）的生物信息学分析 摘要：狂犬病病毒（rabies　virus，ＲＶ）是引起中枢神经系统感染的急性人畜共患传染病。狂犬病病毒基因组是由单股负链、不分节段的RNA组成。基因组编码病毒的核蛋白（N）、磷酸化蛋白（NS）、基质蛋白（M）、糖蛋白（G）和依赖RNA 的RNA 多聚酶（L）5 个主要结构蛋白。N蛋白是组成 病毒粒子的主要 核蛋白，是诱导 狂犬病细胞免疫的主要成分，常用于 狂犬病病毒的诊断、分类和流行病学研究。本文就核蛋白（N）的理化性质、蛋白质结构、系统进化关系等进行了预测和分析，预测结果表明核蛋白的一级结构稳定，为亲水性蛋白，有两个跨膜区，ABLV病毒与其它6个基因型的病毒亲缘关系较其他病毒近，但之间又有明显的距离。 关键字 狂犬病毒；核蛋白；理化性质；蛋白质结构预测；系统进化分析 狂犬病病毒在野生动物（狼、狐狸、鼬鼠、蝙蝠等）及家养动物（狗、猫、牛等）与人之间构成狂犬病的传播环节。人主要被病兽或带毒动物咬伤后感染。一旦受染，如不及时采取有效防治措施，可导致严重的 中枢神经系统急性传染病，病死率高。 狂犬病是由狂犬病病毒（rabies　virus，ＲＶ）引起的中枢神经系统感染的急性人畜共患传染病。所有温血动物都可感染，狂犬病一旦发病，病死率几乎100％［1］，是人类病死率最高的急性传染病之一。该病流行于100 多个国家和地区, 中国的狂犬病发病率占世界第二位, 仅次于印度[2]。 狂犬病病毒基因组是由11 928 或11 932 个核苷酸组成的单股负链、不分节段的RNA，分子量约4.6×106。基因组从3′端至5′端的排列依次为N、NS、M、G、L 5 个结构基因，各基因的序列长度分别为1 421、991/804/805、1 675/2 059、2 069、6 429/6 384 个核苷酸， 分别编码病毒的核蛋白（N）、磷酸化蛋白（NS）、基质蛋白（M）、糖蛋白（G）和依赖RNA 的RNA 多聚酶（L）5 个主要结构蛋白[3]。N蛋白是组成 病毒粒子的主要 核蛋白，是诱导 狂犬病细胞免疫的主要成分，常用于 狂犬病病毒的诊断、分类和流行病学研究。1993 年 Bourhy [4]等人根据狂犬病毒属N基因的氨基酸和核苷酸相似的百分率，将狂犬病毒属分为6种基因型：基因型l（CVS原型株）、基因型2（Lagos －bat病毒原型株）、基因型3（Mokola 病毒原型株）、基因型4（Duvenhage病毒原型株）、基因型5（EBL1欧洲蝙蝠狂犬病毒）、基因型6（EBL2）。1996 年7 月， 澳大利亚首次报道了发现于果蝠体内的Lyssavirus，被定为基因7 型，即ABLV［5］。在中亚吉尔吉斯斯坦的小鼠耳蝠（Myotis blythi）中分离到Aravan 病毒，对其N基因及推导的氨基酸序列进行分析，发现它与已知的7 个基因型的病毒均有明显区别，MAbs 检测其抗原特性与其他类型的病毒也有区别，因此有人认为这是一种新的基因型［4］。 因而本文章对狂犬病毒的7个基因型的毒株做些简单的生物信息学的分析研究，进而推断出其间的联系。 1 材料和方法 1.1 基因序列的获得 从Gene Bank上检索狂犬病病毒基因型l（CVS原型株）、基因型2（Lagos-bat病毒原型株）、基因型3（Mokola 病毒原型株）、基因型4（Duvenhage病毒原型株）、基因型5（EBL1欧洲蝙蝠狂犬病毒）、基因型6（EBL2）、基因型7（ABLV）、印第安娜州的水泡性口炎病毒、麻疹病毒、小反刍兽疫病毒、Rio Mamore病毒、传染性鲑鱼贫血病毒、人类冠状病毒229E、禽传染性支气管炎病毒的编码核蛋白的基因序列和其氨基酸序列。 1.2 ABLV核蛋白的理化性质、跨膜区、结构域及结构预测 对Gene Bank上下载狂犬病毒的不同基因型分离毒株核蛋白基因序列及其核蛋白氨基酸序列。采用在线软件Protparam和Protscal ( http: / /www. expasy. ch /tools /protscale.html) 对其蛋白质的理化性质和疏水性进行分析。核蛋白跨膜区分析用工具TMpred；蛋白质二级结构的预测采用CFSSP工具分析（/tool /chou-fasman/）；结构域采用InterPro工具分析；