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PCR法支原体测定PROTOCOL
关键词
PCR、支原体
修订记录
姓名
部门/职务
签名
日期(年-月-日)
起草人
审核人
批准人
生效日期(年-月-日)
有效期至(年-月-日)
分发部门:质量部
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1.目的
规范PCR法支原体检测的操作方法。
2.范围
适用于项目研发过程样品、原液、成品及中间体的分析。
3.责任
质量分析人员熟悉并遵守该标准操作规程。
4.定义
N/A
5.设备、材料和试剂
5.1设备、材料
设备名
生产商
型号/货号
备注
PCR仪
Thermo
ARKTIK5020
N/A
VORTEX
IKA
GENIUS 3
N/A
小型台式冷冻离心机
Thermo
HERAEUS Fresco 21
N/A
单道移液器(10ul,20ul,100ul)
Eppendorf
Research plus
N/A
多功能水平电泳槽
Tanon
HE-120
N/A
凝胶成像系统
BIORAD
ChemiDoc? XRS+ System
N/A
5.2试剂
试剂名称
生产商
货号
TaKaRa PCR Mycoplasma Detection Set
TaKaRa
6601
TaKaRa Ex Taq?
TaKaRa
RR001A
Regular Agarose G-10
Biowest
N/A
Goldview
国产
N/A
10×Loading Buffer
TaKaRa
9157
DL5000 DNA Marker
TaKaRa
3428A
内毒素检查用水
厦门鲎试剂实验厂有限公司
6.溶液配制
6.1 50× TAE Buffer
称取242.0g Tris,37.2g Na2EDTA·2H2O于1L烧杯中,向烧杯中加入约800ml超纯水,充分混匀,加入57.1ml冰乙酸,充分溶解,加入超纯水定容至1L,室温保存。有效期6个月。
6.2 1× TAE Buffer
量取10ml 50× TAE Buffer,加入490ml超纯水,充分混匀。有效期6个月。
7.操作步骤
用于检测支原体的样品是接种后进行3-6天细胞培养的培养上清液。如果使用常用的细胞培养基时,培养上清可直接加入到PCR反应液中,如果使用细胞悬浊液作为样品,则需要提取DNA,再进行PCR反应。如果样品中含有PCR反应阻碍物,需要对DNA进行抽提,再添加到PCR反应液中,为了确认样品中是否含有反应阻碍物,在样品中加入Control Template进行正对照反应。
7.1 1st PCR反应
7.1.1按下表顺序配制反应混合液(50ul体系)
试剂
用量(ul)
内毒素检查用水
37.75~38.75
10× PCR Buffer
5
dNTP Mixture
4
MCGp F1 Primer
0.5
MCGp R1 Primer
0.5
TaKaRa Taq
0.25
7.1.2向以上反应混合液中分别加入1ul阴性对照样品(内毒素检查用水),1ul供试品,1ul阳性对照样品(Control Template)和2ul供试品阳性对照(1ul供试品+1ulControl Template),添加样品时务必防止交叉污染。
为了避免交叉污染,实验过程需分区域操作。在实验区域1完成PCR反应液配置后,先在该实验区域加入1ul内毒素检查用水(阴性对照),再在实验区域2加入1ul供试品,最后在实验区域3加入1ul Control Template(阳性对照)及“1ul供试品+1ul control Template”(供试品阳性对照)。
7.1.3将反应管置于PCR仪中,设定以下反应条件进行PCR反应。
94℃30sec
94℃ 30sec
55℃ 2min 35 cycles
72℃ 1min
72℃ 5min
7.2 2nd PCR反应
7.2.1按下表顺序配制反应混合液
试剂
用量(ul)
内毒素检查用水
39.25
10× PCR Buffer
5
dNTP Mixture
4
MCGp F2 Primer
0.5
MCGp R2 Primer
0.5
TaKaRa Taq
0.25
7.2.2用内毒素检查用水将1st PCR反应产物稀释100倍,取0.5ul加入以上反应混合液中。为了防止交叉污染,加样时需分区域操作,具体加样方式同7.1.2。
7.2.3 将反应管置于PCR仪中,设定以下反应条件进行PCR反应。
94℃30sec
94℃ 30sec
55℃ 2min 30 cycles
72℃ 1min
72℃ 5min
7.3 扩增产物的琼脂糖凝胶电泳分析
7.3.1 1%琼脂糖凝胶
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