猪3、4和7号染色体QTL定位及六个候选基因的分离.docVIP

猪3、4和7号染色体QTL定位及六个候选基因的分离 猪3、4和7号染色体QTL定位及六个候选基因的分离 随着分子标记技术在猪育种领域中的应用，逐步出现了以分子标记为基础的分子标记辅助选择和渗入等分子育种技术，这些技术与常规育种方法相结合，大大加速了猪遗传改良进程。分子标记辅助选择或渗入的基础是寻找对目标性状具有较大遗传贡献率的基因或标记，即主效基因或标记，连锁分析法和候选基因法是鉴定数量性状主效基因的两种主要方法。本研究以3头英系大白猪和7头梅山母猪为父母本建立了F2代资源家系，随机选留140头F2代个体，获得胴体、肉质表型记录，结合CRIMAP软件构建的猪 3、4和7号染色体(Sus scrofa chromosome，SSC)遗传连锁图谱，对这三条染色体进行了数量性状座位(Quantitative Trait Loci，QTL)区间定位分析。同时，根据国内外报道的QTL定位结果、猪与人比较图谱以及基因生理、生化功能三方面信息，分别选取了人 1、 3、17和19号染色体上的6个基因作为拟分离的候选基因，其中5个为猪新基因，应用比较基因组学、生物信息学等方法分离鉴定了这些基因，研究了这些基因的某些多态性位点与猪重要生产性状的相关性，以及在不同组织中的表达情况。本研究具体结果如下： (1)在140头F2代资源群体中，24个微卫星标记平均等位基因数为 3.4个，平均有信息减数分裂数为237，平均杂合度和平均多态性信息含量分别为0.534和0.466；所构建的猪3号染色体两性平均连锁图谱全长为161cM，位点间的平均间距为20.1cM，4号染色体两性平均连锁图谱全长为17 8.5cM，平均间距为29.9cM，7号染色体两性平均连锁图谱全长为179.1cM，平均间隔为25cM；三条染色体的母畜图谱长度均高于公畜图谱长度，与USDA-MARC连锁图谱相比，除4号染色体上SW270和SW841标记间顺序发生颠倒外，其余标记顺序一致。 (2)在35个性状的QTL定位分析中，总共17个QTL达到染色体显著水平(P＜5％)，其中5个达到染色体极显著水平(P＜1％)。 ①初生重和活体性状方面，在SSC3和SSC7上分别检测到了初生重QTL，均达到了染色体显著水平(P＜0.05)，SSC4上检测到了活体眼肌高和倒数3-4肋骨处活体背膘厚的QTL，分别达到了染色体显著水平(P＜0.05)和极显著水平(P＜0.01)； ②胴体性状方面，在SSC4上定位了皮率、背膘厚和板油重QTL，均达到了染色体显著水平(P＜0.05)，其中皮率和6-7胸椎间背膘厚QTL达到了染色体极显著水平(P＜0.01)；在SSC7上定位了影响眼肌面积、骨率、板油重和肋骨数的染色体显著水平QTL，其中肋骨数QTL达到染色体极显著水平(P＜0.01)； ③肉质性状方面，在SSC3上检测到了影响头半棘肌pH值的染色体极显著水平(P＜0.01)QTL，在SSC4和SSC7上分别发现了影响肌肉水分的染色体显著水平(P＜0.05)QTL，另外，在SSC4上还检测到一个影响肌内脂肪含量的QTL接近染色体显著水平(P＜0.05)； ④在2QTL模型下，分析结果表明在华中农业大学博士学位论文SSC4上存在影响板油重的2个QTL，但它们的加性和显性效应方向相反。 (3)获得了大白、长白、梅山、杜洛克四个猪种尸月23(F。ur and a half UMdomains3)基因全长编码序列，长白品种序列已提交到GenB出Ik中，登录号为AY277587;获得了长白、梅山品种的4个内含子序列并拼接为一条整合序列，梅山品种的序列己提交到Ge瓦Bax水中，登录号为AY377857。位于该基因开放阅读框313bP处的A~G突变导致了精氨酸一甘氨酸的氨基酸变化，并引起了Pstl酶切多态性，从而建立了该位点的PCR.Pstl一RFLP(Pstl酶切片段长度多态性)基因分型方法。在所检测的8个不同猪种中，该位点仅在长白猪中出现了B等位基因;在105头试验猪群(长白、长白x大白、大白x长白)中进行标记性状关联分析，结果表明该位点与初生重、断奶前日增重、料肉比、皮率、内脂率、肥肉率、瘦肥比率、胭体长、眼肌高和眼肌面积相关显著。该基因在脾、肝、肾、小肠、肌肉、脂肪、胃组织中均有表达，其中肌肉中表达量最高。 (4)获得了大白、长白、梅山、杜洛克四个猪种刀w叮了(价。poninl，slow·恻tehskeletal muscleisoform，慢反应型肌钙蛋白)全长编码序列，梅山品种序列已提交到GenBax水中，登录号为AY282922。通过四个猪种2狱WZ基因的cDNA序列比对，发现了该cDNA序列共存在7个单核昔酸多态性(Single Nucleotide Pol