TCGA癌症数据库介绍专题讲课教案.pptxVIP

TCGA数据库介绍专题上海尔云-云生信团队2015.9.20/// 目录TCGA- the Cancer genome ATLAS癌症种类丰富，样本量大34 kinds of cancer325 samples on average//02数据产生历程/// http:///abouttcga//abouttcga/overviewTCGA数据的产生历程：1. 组织样本和临床数据来源网站(TSS)收集的数据发送到Biospecimen核心资源(BCRs)。2. BCRs提交临床数据和元数据到数据协调中心(DCC)和测序中心(GSCs),获取组织变异数据,然后提交给DCC。3. GSCs提交跟踪文件,序列比对后文件到癌症基因组学中心(CGHub)。4. 提交给DCC和CGHub的数据可供研究团队和基因组数据分析中心(GDACs)使用。5. 分析pipeline以及由GDACs产生的数据结果通过DCC保存到研究社区（community）中。03barcode解读/// /display/TCGA/TCGA+barcode详细请见：/display/TCGA/TCGA+barcodehttps/display/TCGA/TCGA+barcode:///display/TCGA/TCGA+barcode04DaTA TYPES AND LEVELS/// DATA TYPESDATA LEVLESData LevelLevel TypeDescription1RawLow-level data for single sample单个样本的低级数据Not normalized未标准化2ProcessedNormalized single sample data标准化的单个样本Interpreted for presence or absence of specific molecular abnormalities解释异常的个体3Segmented/ InterpretedAggregate of processed data from single sample单个样本整合在了一起Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases)根据probe的位置分组4Summary/Regions of Interest (ROI)Quantified association across classes of samples量化关联类的样本Associations based on two or more两个或多个的关联Molecular abnormalities分子水平的异常Sample characteristics样本特性Clinical variables临床变异注意：低水平的测序数据存储在CGHub /https/:////, 申请下载时需要DUNS number. The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing, cataloging, and accessing cancer genome sequences, alignments, and mutation information from the Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium and related projects.05目前已有的癌症种类癌症种类丰富，样本量大34 kinds of cancer325 samples on average详细见：TCGA publication guideline, /publications/publicationguidelines/publications/publicationguidelines06数据下载及解读/// 最简单的方法：/tcga/tcgaHome2.jsp/tcga/tcgaHome2.jspStep4第1封邮件通知下载申请已经提交第2封给出下载链接 Step 4 文件内容File_manifest.txt，对所下载文件的说明 临床数据解读CDE：Common Data Elements /docs/dictionary//docs/dictionary/THANKS///